Ligaasit
Liittäjäentsyymi eli ligaasi (latinan sanasta ligāre – "sitoa yhteen", "liimata yhteen") on entsyymi joka kykenee nopeuttamaan kahden molekyylin yhteensitoutumisen luomalla uuden kemiallisen sidoksen, yleensä toisen kohdemolekyylin, tyypillisesti ATP:n kemiallisen alaryhmän hydrolyysin avulla.[1] Yleisesti ottaen liittäjäentsyymi nopeuttaa seuraavaa reaktiota:
- Ab + C → A–C + b
tai joskus
- Ab + cD → A–D + b + c
jossa pienet aakkoset kuvaavat kemiallisia alaryhmiä.
Liittäjäentsyymien luokittelu muokkaa
Kaikkien liittäjäentsyymien EC-numero alkaa numerolla 6. EC-numerot määräytyvät eri liittäjäentsyymien nopeuttamien reaktioiden mukaan seuraavasti.[2]
- EC6.1.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-happisidoksen muodostumista
- EC6.2.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-rikkisidoksen muodostumista
- EC6.3.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-typpisidoksen muodostumista
- EC6.4.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-hiilisidoksen muodostumista
- EC6.5.x.x – Entsyymit nopeuttavat fosfaattiesterisidoksen muodostumista
- EC6.6.x.x – Entsyymit nopeuttavat metalli-typpisidoksen muodostumista
DNA-liittäjäentsyymi muokkaa
DNA-juosteita yhteen muodostamalla kovalenttisia sidoksia juosteiden päiden välille. Toisessa yhteenliitettävässä päässä on oltava 5'-fosfaattiryhmä ja toisessa 3'-OH-ryhmä. Liittäjäentsyymit ovat tärkeitä geenitekniikan työvälineitä ja yleisimmin käytettävä T4-liittäjäentsyymi on peräisin kolibakteerista.
DNA-liittäjäentsyymin toiminta muokkaa
Kuvassa kaksi DNA-juostetta ennen liittäjäentsyymin aiheuttamaa juosteiden yhteenliittymistä. Vapaat OH-ryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen ylemmän rihman oikeanpuolimmaisessa tymiinissä (T) ja sinisellä merkityn juosteen alemman rihman vasemmanpuolimmaisessa sytosiinissa (C). Vastaavasti vapaat fosfaattiryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen alemman rihman oikeanpuolimmaisessa guaniinissa (G) ja sinisellä merkityn juosteen ylemmän rihman vasemmanpuolimmaisessa guaniinissa.
Liittäjäentsyymi yhdistää juosteet niin että sen tekemän liitoksen muodostavat toisen juosteen fosfaattiryhmä ja toisen juosteen OH-ryhmä. Lopputuloksena on ehjä kaksijuosteinen DNA-molekyyli.
Katso myös muokkaa
Lähteet muokkaa
- ↑ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko & Lubert Stryer: Biochemistry, 6th Edition, s. 237. W. H. Freeman and Company, 2006. ISBN 978-0-7167-8724-2. (englanniksi)
- ↑ G.P.Moss: Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Viitattu 12.7.2011. (englanniksi)
Aiheesta muualla muokkaa
Kuvia tai muita tiedostoja aiheesta Ligaasit Wikimedia Commonsissa
