Tohtori Light ja muut uskovat, ettei Wilylla ole pahat aikeet mielessä. Siispä Mega Man lähetetään hakemaan koneen osia kahdeksalta robottimestarilta, jotta Roll ja kaikki muutkin robotit voitaisiin parantaa mahdollisimman pian. Myös Proto Man, Mega Manin yksinäinen isoveli, ojentaa auttavan kätensä roboenssan pysäyttämiseksi. Lisäksi edellisestä pelistä poissaollut Bass tekee paluun ja lähtee omin päin haastamaan robottimestarit.
Juuri kun kaikki lääkekoneen osaaosat on kerätty, Tohtori Wily katoaa ja vie koneen mukanaan. Samaan aikaan Wily paljastaa maailmalle että hän on koko Roboenssan takana ja että parannus on tarjolla ainoastaan niille jotka tulevat työskentelemään Wilyn alaisuuteen. Kaiken lisäksi Mega Man itse saa tartunnan ja kaikki toivo Wilyn pysäyttämiseen näyttää olevan mennyttä. Roll kuitenkin kertoo että hän ei ollut käyttänyt hänelle annettua lääkettä ja antaa sen Mega Manille. Mega Man parantuu ja lähtee Wilyn linnoitukseen luvaten samalla tuovansa takaisin tarpeeksi lääkettä kaikille. Taisteltuaan linnoituksen lävitse Mega Man voittaa jälleen Wilyn. Lopuksi Mega Man huomaa että Tohtori Wily itse on sairastunut (ei nähtävästi kuitenkaan Roboenssaan koska se tarttuu vain robotteihin). Mega Man vie tohtorin sairaalaan josta Wily kuitenkin karkaa pari päivää myöhemmin. Luultavasti kiitollisuudenvelassa, Wily jättää jälkeensä suuren määrän lääkkeitä joilla voidaan parantaa kaikki Roboenssaan sairastuneet robotit.
