Tarina alkaa kun joukkoedellisestä juoppojaosasta tuleetuttu jaHaven sttenCity tappavaton poliisitmuuttunut jasotatantereeksi, juovatkun viinaakolme eri ryhmää taistelee sen hallitsemisesta. Haven Cityn Metal head -olioilta pelastanut Jak karkotetaan kaupungista Wasteland-aavikolle, koska häntä syytetään sodan syttymisestä. Aavikolla Sparguksen asukkaat löytävät kuolemaisillaan olevan Jakin, Daxterin ja edellisestä osasta tutun apina-papukaija Peckerin ja vievät kaupunkiinsa. Kaupungissa Jakin täytyy osallistua areenalla pidettäviin gladiaattoritaisteluihin saadakseen asua kaupungissa. Taivaalta alkaa saapua ihmeellisiä Dark Maker -olioita, jotka olivat entisiä precursoreita, jotka olivat muuttuneet Dark Econ johdosta ja Haven City ja koko maailma ovat uhattuina. Jakin täytyy aloittaa jälleen taistelu. [[Jak 2]] -pelissä kuolleeksi luultu Grav-zoomer-ajelun mestari Erol on palannut [[kyborgi]]na ja hallitsee Krimzon Guard -vartiostoa ja on liittoutunut Dark Makerien kanssa ja käy sotaa Haven Cityä vastaan. Errol sai kyborgiruumiinsa vaihdossa Dark Makereilta.Myöhemmin Jak jatkaa matkaa kaivoksiin ja tapaa Count Vegerin joka tekee eräästä patsaasta hirviön.Jak onnistuu voittamaan hirviön ja jatkaa matkaa kohti Haven Cityä jossa hän auttaa Tornia ja muita voittamaan Metal Headit.Välillä hän palaa Spargusiin tekemään tehtäviä.Lopulta hän kohtaa Errolin.Jak voittaa hänet ja Errol pakenee.Jak jahtaa häntä suorittaen tehtäviä matkallaan.Lopuksi hän tuhoaa pimeän aluksen ja Errol jättihämähäkkirobottinsa kanssa menee Wastelandille jak perässsään.Jak tuhoaa robotin jalat ja ampuu muutaman ammuksen robotin niskassa oleviin generaattoreihin jolloin Errol ja hänen robottinsa tuhoutuvat ja peli on läpäisty.
