20. joulukuuta 1995 Kazakstanin presidentti nimesi Leninskin kaupungin virallisesti Baikonuriksi.
Maaliskuussa 2005 [[Venäjän federaatio]] vuokrasi avaruuskeskuksen [[Kazakstan]]iltaKazakstanilta 20 vuodeksi 115 miljoonan [[Yhdysvaltain dollari|dollarin]] vuosittaisella maksulla. Vuokra-aikaa voidaan pidentää kymmenellä vuodella. 2000-luvun alun maksukiistojen vuoksi Venäjä alkoi myös laajentaa [[Plesetskin avaruuskeskukseenavaruuskeskus|Plesetskin avaruuskeskustaan]] [[ArkangeliArkangelin alue]]n alueellaella. Baikonurin 50-vuotisjuhlaa vietettiin 2. kesäkuuta 2005, ja juhlassa Venäjän presidentti [[Vladimir Putin]] julkisti 163 miljoonan euron yhteistyösopimuksen, jonka mukaan Kazakstan ja Venäjä kehittävät uuden [[Kantoraketti|Baiterek]]-kantoraketin]].
Baikonurin avaruuskeskus on keskeinen osa [[Venäjän avaruusjärjestöäavaruusjärjestö]]ä, joka operoi keskusta yhdessä [[Venäjän avaruusvoimat|Venäjän avaruusvoimien]] kanssa. Baikonurista voidaan laukaista [[Sojuz (raketti)|Sojuz-]], [[Proton]]-, [[TsyklonTsiklon]]-, [[Dnepr (raketti)|Dnepr]]- ja [[Zenit (raketti)|Zenit]]-raketteja. Tukikohta on oleellinen [[Kansainvälinen avaruusasema|Kansainvälisen avaruusaseman]] huollossa.
Venäjä on ilmoittanut jatkavansa Baikonurin käyttöä ainakin vuoteen 2050.,<ref>[http://www.tehrantimes.com/index_View.asp?code=171909 Somalia invites Russian firms to develop uranium deposits] www.tehrantimes.com</ref> ja huhtikuussa 2010 Kazakstanin parlamentti ratifioi sopimuksen vuokra-ajan jatkamisesta siihen asti.<ref>http://fr.rian.ru/business/20100409/186429711.html </ref> Vuoden 2010 alussa Venäjän avaruusjärjestö on kuitenkin saanut aluevarauksen [[VostotšninAmurin kosmodromi|Vostotšinistaalue]],elta jonneuudelle alettaneen[[Vostotšnyin vuonnakosmodromi]]lle 2011[[Venäjän kaukoitä|Venäjän kaukoidässä]]. rakentaaTämän Baikonurin korvaavaakorvaavan kosmodromia.kosmodromin rakentaminen alkanee 2011.<ref>[http://www.space-travel.com/reports/Roscosmos_Reserves_Site_For_Vostochny_Spaceport_999.html Roscosmos_Reserves_Site_For_Vostochny_Spaceport] spacetravel.com</ref> Se valmistunee vuonna 20162018. Vuonna 2010 Baikonurin kaupungin 60000 asukkaasta vajaat puolet on venäläisiä, joiden määrä laskeetulee vähenemään. Mannertenvälisten ohjusten testaus on jo aiemmin siirretty aiemmin [[Plesetskin kosmodromi]]llekosmodromille. Helmikuussa 2010 Kazakstan ilmeisesti asetti jälleen kerran uusia vaatimuksia Baikonurin kosmodromin toiminnalle.<ref>http://[www.spacedaily.com/reports/Kazakhstan_hindering_Russian_space_missions_official_999.html Kazakhstan_hindering_Russian_space_missions] www.spacedaily.com</ref>Huhtikuussa 2010 Kazakstanin parlamentti ratifioi sopimuksen Baikonurin vuokra-ajan jatkamisesta vuoteen 2050 asti.<ref>http://fr.rian.ru/business/20100409/186429711.html </ref>
Huhtikuussa 2010 Kazakstanin parlamentti ratifioi sopimuksen Baikonurin vuokra-ajan jatkamisesta vuoteen [[2050]] asti.<ref>http://fr.rian.ru/business/20100409/186429711.html </ref>
Vuoden 2009 keväällä miehitetyn [[Sojuz TMA-13]] avaruuslennon paluu Kazakstaniin viivästyi, ja sen laskeutumispaikkaa siirrettiin pohjoisemmaksi Kazakstanin kevättulvien vuoksi. Tulvat eivät koskettaneet itse avaruuskeskusta, mutta tulvaa on pidetty keskuksen perustamisesta alkaen riskinä.<ref>[http://www.space-travel.com/reports/Flooding_delays_return_of_Soyuz_spacecraft_999.html Flooding_delays_return_of_Soyuz_spacecraft] www.space-travel.com</ref>
