Ohjaaja MiyazakinKallen työstettyä elokuvan ideoita parin vuoden ajan ''[[Liikkuva linna (elokuva)|Liikkuvan linnan]]'' valmistumisen jälkeen Studio Ghiblin henkilöstö aloitti ''Ponyo rantakalliolla'' -elokuvan parissa työskentelyn lokakuussa 2006. Alun perin Miyazaki aikoi käyttää elokuvassa samaa tyyliä kuin sitä edeltävissäkin Ghibli-elokuvissa, mutta nähtyään [[John Everett Millais|John Everett Millais'n]] maalauksen ''Ofelia'' hän päätyi vaihtamaan työskentelytapaa. Miyazaki päätti, että uusi elokuva piirrettäisiin kokonaan käsin tietokoneita käyttämättä. Tarkoitus oli saada lopputulos näyttämään kuin lapsen värikynillä piirtämältä. Tuottaja [[Toshio Suzuki (elokuvatuottaja)|Toshio Suzukin]] mukaan erityistä vaivaa nähtiin meren aaltojen piirtämiseen. Nimihenkilö Ponyon nimi pohjautuu Miyazakin mietteisiin hahmon olemuksesta luomisprosessin aikana, kun taas Sōsuken nimi on peräisin [[Sōseki Natsume]]n romaanista.
Miyazaki oli jo vuosia halunnut tehdä merelle sijoittuvan elokuvan, mutta lykkäsi ajatuksen toteutusta, koska aaltojen piirtäminen olisi niin työlästä. Toteuttaakseen haaveensa Miyazaki vietti kesällä 2006 yksin aikaa tuttavansa talossa [[Fukuyama]]ssa [[Seton sisämeri|Seton sisämeren]] rannalla.
Elokuvan teemakappaletta ''GakeGakka no ue no Ponyo'' alettiin poikkeuksellisesti myydäostaa jo joulukuussa 2007, puoli vuotta ennen elokuvan julkaisua. Kappaleen esittävät kahdeksanvuotiasyksivuotias NozomiKizo ŌhashiFeenikko ja [[Fujioka Fujimaki]] -duo. Kappale on Ghiblin vakiosäveltäjä [[Joe Hisaishi]]n käsialaa.
