[[Tiedosto:Ring Command.PNG|thumb|250px|''Secret of Manan'' kierrettävä valikko]]
Sarjan pelimekaniikan olennaisena osana ovat olleet [[toimintaroolipeli]]en mukaiset reaaliajassa käytävät taistelut. Ne poikkesivat 1990-luvun alun roolipeleissä vallinneesta järjestelmästä, jossa pelihahmot suorittavat pelaajan valitsemia komentoja vuorotellen.<ref name="IGN Creators"/> ''Seiken densetsu'' -peleissä tietytyksinkertaiset hyökkäykset, kuten aseella iskeminen, voidaan suorittaa suoraan peliohjaimen näppäintä painamalla eikä niissävalikkoa käytetä valikkoakäyttämällä kuten ''Final Fantasyssa''.<ref name="Battle System">{{Kirjaviite | Luku = Battle System | Nimeke = Final Fantasy Adventure | Sivu = 32 | Julkaisija = Square | Tunniste = DMG-FF-USA | Vuosi = 1991 | Kieli = {{en}}}}</ref><ref>{{Kirjaviite | Luku = Battle Strategies | Nimeke = Secret of Mana Instruction Booklet | Sivu = 24 | Julkaisija = Square Soft | Tunniste = SNS-K2-USA | Vuosi = 1993 | Kieli = {{en}}}}</ref><ref>{{Kirjaviite | Luku = Battle System | Nimeke = Legend of Mana Owner's Manual | Sivu = 16–19 | Julkaisija = Square Electronic Arts | Tunniste = SLUS-01013 | Vuosi = 2000 | Kieli = {{en}}}}</ref><ref>{{Kirjaviite | Luku = Battles | Nimeke = Children of Mana Instruction Booklet | Sivu = 31–35 | Julkaisija = Nintendo | Tunniste = NTR-ASEE-USA | Vuosi = 2006 | Kieli = {{en}}}}</ref> Muita eroja ''Final Fantasyyn'' ovat erillisen taistelunäytön puuttuminen ja mahdollisuus liikuttaa hahmoja taistelun aikana,<ref name="Battle System"/><ref name="G-Wie">{{Verkkoviite | Tekijä = Nickel, Thomas | Nimeke = Hiromichi Tanaka - Final Fantasy III | Ajankohta = 2006 | Osoite = http://www.g-wie-gorilla.de/content/view/218/18/ | Julkaisija = G-Wie-Gorilla | Viitattu = 10.2.2008 | Kieli = {{en}}}}</ref> vaikka esimerkiksi ''Legend of Manassa'' pelaajan on ensin päihitettävä kohtaamansa viholliset ennen kuin voi siirtyä toiselle alueelle.<ref name="LoM Battle">{{Kirjaviite | Luku = Battle System | Nimeke = Legend of Mana Owner's Manual | Sivu = 16 | Julkaisija = Square Electronic Arts | Tunniste = SLUS-01013 | Vuosi = 2000 | Kieli = {{en}}}}</ref> ''Mystic Questin'' ja ''Secret of Manan'' taisteluja on verrattu ''[[The Legend of Zelda (pelisarja)|The Legend of Zeldaan]]''.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = Lee, Justin | Ajankohta = 15.2.2004 | Nimeke = Hall of Fame | Osoite = http://archive.gamespy.com/halloffame/february04/secretofmana/ | Julkaisija = GameSpy | Viitattu = 9.5.2009 | Kieli = {{en}}}}</ref><ref name="RPGFan: FFA">{{Verkkoviite | Tekijä = Gann, Patrick | Nimeke = RPGFan Reviews: Final Fantasy Adventure | Osoite = http://www.rpgfan.com/reviews/finalfantasyadventure/Final_Fantasy_Adventure.html | Julkaisija = RPGFan | Luettu = 30.4.2008 | Kieli = {{en}}}}</ref>
Useimmissa sarjan osissa on käytetty myös pyörivää kehävalikkoa ({{k-en|Ring Command}}). Se koostuu pelihahmon ympärillä olevista kuvakkeista, jotka esittävät esimerkiksi peliasetuksia, hahmolle liitettäviä varusteita tai tälle osoitettavia komentoja, kuten taikojen ja esineiden käyttöä.<ref name="Ring Command">{{Kirjaviite | Luku = Ring Commands | Nimeke = Secret of Mana Instruction Booklet | Sivu = 13–22 | Julkaisija = Square Soft | Tunniste = SNS-K2-USA | Vuosi = 1993 | Kieli = {{en}}}}</ref><ref>{{Kirjaviite | Luku = Battles | Nimeke = Children of Mana Instruction Booklet | Sivu = 30 | Julkaisija = Nintendo | Tunniste = NTR-ASEE-USA | Vuosi = 2006 | Kieli = {{en}}}}</ref> Valikkoja voi olla useita, ja niitä vaihtaakseen pelaajan on painettava peliohjaimen ylä- tai alanäppäintä; kuvakkeesta toiseen siirrytään oikeaa tai vasenta suuntanäppäintä painamalla.<ref name="Ring Command"/> Tällaista valikkoa käytettiin ensimmäisen kerran ''Secret of Manassa''.<ref name="Mana a Mana"/> Sarjan ensimmäisessä osassa ei ollut kehävalikkoa, vaan se otettiin käyttöön vasta pelin uudemmassa versiossa ''Sword of Manassa''.<ref>{{Kirjaviite | Luku = The Ring Command System | Nimeke = Sword of Mana Instruction Booklet | Sivu = 18 | Julkaisija = Nintendo | Tunniste = AGB-AVSE-USA | Vuosi = 2003 | Kieli = {{en}}}}</ref> Ideaa lainattiin myös ''Seiken densetsu'' -sarjaan kuulumattomaan ''[[Secret of Evermore]]en''.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = Lewis, Zachary | Nimeke = Secret of Evermore - Retroview | Osoite = http://www.rpgamer.com/games/other/snes/soe/reviews/soestrev1.html | Julkaisija = RPGamer | Viitattu = 10.2.2008 | Kieli = {{en}}}}</ref>
