[[Tiedosto:Rotavirus Structure.png|left|thumb|Rotaviruksen rakenneproteiinien sijainti pelkistetysti.]]
[[Tiedosto:Rotavirus with gold- labelled monoclonal antibody.jpg|left|thumb| Elektronimikroskooppikuva rotavirukseen kiinnittyneistä kultananopartikkeleista. Pienet tummat rengasmaiset kohteet ovat kultananopartikkeleita, joita peittää rotavirusproteiini VP6:lle spesifinen [[monoklonaalinen vasta-aine]].]]
Itse viruspartikkelissa eli [[virioni]]ssa on kuusi virusproteiinia (VP). Nämä rakenteelliset proteiinit ovat VP1, VP2, VP3, VP4, VP6 ja VP7. Virionin ytimestä löytyy VP1, joka on [[RNA-polymeraasi]]entsyymi.<ref name="pmid17657346">{{Lehtiviite |Tekijä =Vásquez-del Carpió R. ym. |Otsikko =Bioinformatic prediction of polymerase elements in the rotavirus VP1 protein |Julkaisu =Biological research |Numero =39(4) |Sivut =649–659 |Ajankohta =2006 |www=http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602006000500008&tlng=en&lng=en&nrm=iso | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> Tartunnan saaneessa solussa tämä entsyymi [[Transkriptio|transkriboi]] [[Lähetti-RNA|mRNA]]:ta virionien syntetisoimista varten. Sen lisäksi se kopioi rotavirusgenomin RNA:ta vastatuotettuja virioneja varten. VP2 muodostaa virionin ydinkerroksen ja sitoo RNA:n genomin.<ref name="pmid17182692">{{Lehtiviite |Tekijä =Arnoldi F. ym. |Otsikko =Interaction of rotavirus polymerase VP1 with nonstructural protein NSP5 is stronger than that with NSP2 |Julkaisu =Journal of virology |Numero =81(5) |Sivut =2128–2137 |Ajankohta =2007 |www=http://jvi.asm.org/cgi/content/full/81/5/2128| Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> VP3 on osa virionin sisäydintä ja toimii guanylyylitransferaasientyyminäguanylyylitransferaasientsyyminä. <!--This is a [[capping enzyme]] that catalyses the formation of the [[5' cap]] in the [[post-transcriptional modification]] of mRNA.<ref>{{Lehtiviite |Tekijä =Fresco L. D., Buratowski S. |Otsikko =Active site of the mRNA-capping enzyme guanylyltransferase from Saccharomyces cerevisiae: similarity to the nucleotidyl attachment motif of DNA and RNA ligases |Julkaisu =Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |Numero =91(14) |Sivut =6624–6628 |Ajankohta =1994 |www=http://www.pnas.org/content/91/14/6624.full.pdf+html |Tiedostomuoto=PDF | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> The cap stabilises viral mRNA by protecting it from [[nucleic acid]] degrading enzymes called [[nucleases]].--> VP4 löytyy virionin pinnalla olevasta piikistä.<ref name="pmid16571811">{{Lehtiviite |Tekijä =Gardet A. ym. |Otsikko =Rotavirus spike protein VP4 binds to and remodels actin bundles of the epithelial brush border into actin bodies |Julkaisu =Journal of virology |Numero =80(8) |Sivut =3947–3956 |Ajankohta =2006 |www=http://jvi.asm.org/cgi/content/full/80/8/3947| Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> Se sitoaasitoo solujen pinnalla olevia [[Reseptori (biokemia)|reseptorinimisiä]] molekyylejä ja auttaa viruksen pääsyä soluun.<ref name="pmid12234525">{{Lehtiviite |Tekijä =Arias C. F. ym. |Otsikko =Molecular biology of rotavirus cell entry |Julkaisu =Archives of medical research |Numero =33(4) |Sivut =356–361 |Ajankohta =2002 | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> Virus ei kuitenkaan ole tarttuva ennen kuin mahalaukussa oleva proteaasientsyymi muokkaa VP4:ta VP5*:ksi ja VP8*:ksi, minkä jälkeen tiedetään kuinka tarttuva virus on.<ref name="pmid8384014">{{Lehtiviite |Tekijä =Konno T. ym. |Otsikko =Proteolytic enhancement of human rotavirus infectivity |Julkaisu = Clinical infectious diseases |Numero =16, Supplement 2 |Sivut =S92–S97 |Ajankohta =1993 | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> VP4:n mukaan luokitellaan viruksen P-tyypin.<ref name="pmid12167342">{{Lehtiviite |Tekijä =Hoshino Y., Jones R. W., Kapikian A. Z. |Otsikko =Characterization of neutralization specificities of outer capsid spike protein VP4 of selected murine, lapine, and human rotavirus strains |Julkaisu =Virology |Numero =299(1) |Sivut =64–71 |Ajankohta =2002 | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> VP6 täyttää suurimman osan kapsidista. Se on hyvin [[antigeeni]]nen ja sitä voidaan käyttää rotaviruskannan tunnistamisessa.<ref name="pmid9015109">{{Lehtiviite |Tekijä =Bishop R. F. |Otsikko =Natural history of human rotavirus infection |Julkaisu =Archives of virology. Supplementum |Numero =12 |Sivut =119–128 |Ajankohta =1996 | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> Tätä proteiinia käytetään rotavirus A -tulehdusten laboratoriokokeissa.<ref name="pmid6321549">{{Lehtiviite |Tekijä =Beards G. M. ym. |Otsikko =Enzyme-linked immunosorbent assays based on polyclonal and monoclonal antibodies for rotavirus detection |Julkaisu =Journal of clinical microbiology |Numero =19(2) |Sivut =248–254 |Ajankohta =1984 |www=http://jcm.asm.org/cgi/reprint/19/2/248 |Tiedostomuoto=PDF| Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref> VP7 on [[glykoproteiini]], joka muodostuu virioininvirionin uloimmalla pinnalla. Rakentellisten funktioiden lisäksi kannan G-tyyppi luokitellaan VP7:n mukaan. <!--?Sekä VP7 että VP4 ovat osatekijöinä vastustuskyvyn luomisessa tulehdusta vastaan.<ref name="pmid16913048">{{Lehtiviite |Tekijä =Pesavento J. B. ym. |Otsikko =Rotavirus proteins: structure and assembly |Julkaisu =Current topics in microbiology and immunology |Numero =309 |Sivut =189–219 |Ajankohta =2006 | Viitattu = | Kieli = {{en}}}}</ref>-->
