Yhden käsityksen mukaan gagauzit olisivat [[DobrujaDobrudža]]an muuttaneiden [[Seldžukit|seldžukki]]turkkilaisten jälkeläisiä. Toisen käsityksen mukaan he olisivat [[bolgaarit|bolgaarien]] jälkeläisiä. Kolmannen teorian mukaan he ovat alueella asuneiden turkkilaistuneiden kreikkalaisten jälkeläisiä. Heillä oli läheiset yhteydet alueella asuneiden [[bulgarialaiset|bulgarialaisien]] kanssa ja tukivat bulgarialaisten nationalistista liikehdintää. Vuonna 1906 gagauzitalonpojat perustivat viisi päivää kestäneen [[Komratin Tasavalta|Komratin tasavallan]]. 1980-luvulla gagauzien nationalismi koki uuden nousukauden ja he ryhtyivät vaatimaan omaa autonomista aluettaan. Vuonna 1990 Gagauzia julistautui yksipuolisesti autonomiseksi tasavallaksi, Moldova ei kuitenkaan tunnustanut sitä. Tämän jälkeen Gagauzia julistautui itsenäiseksi 1991, samana vuonna myös [[Transnistria]] julistautui itsenäiseksi. Vuonna 1994 maat tekivät kuitenkin sopimuksen, jossa Gagauziasta tuli autonominen alue Moldovan sisällä. Sopimukseen kuului kohta jossa sanottiin, että jos Moldova liittyy Romaniaan, Gagauzia saa valita itse liittyykö se vai jättääkö se liittymättä Moldovan mukana.
