Elokuvan alussa [[Hellboy]]n ([[Ron Perlman]]) isä professori Trevor Broom ([[John Hurt]]) kertoo yli viidenkymmenen vuoden takaumassa Hellboylle tarinan ihmisten ja kummajaisten välisestä sodasta. Tarinassa johtajakuningas Balor herättää kultaisen armeijan ihmisiä vastaan. Mutta katuu tekoaan ja luopuu armeijasta. Hellboyn täytyy taistella Prinssi Nuadaa ja hänen lähes voittamatonta armeijaa vastaan.
Hellboy lähtee oikeasta maailmasta näkymättömään maailmaan, jossa mielikuvitushahmot ruumiillistuvat. Hellboy ottaa ryhmään mukaansa tyttöystävänsä Lizin ([[Selma Blair]]), vedessä elävän Aben ([[Doug Jones]]) ja hämärän protoplasmaisen JohannistaJohann koostuvanKraussin, Paranormaaliuksien tutkimus- ja kehitysvirastossa työskentelevän tiiminsä.
