[[Image:Battle of Java Sea - HMS Exeter under Attack.jpg|300px|thumb|left|Exeter hyökkäyksen kohteen Jaavanmeren meritaistelussa]]
[[Japani]]n liityttyä joulukuussa 1941 sotaan ''HMS Exeter'' muodosti osan liitoutuneiden joukoista (ABDACOM), joiden oli tarkoitus puolustaa Hollannin Itä-Intiaa (nyk. [[Indonesia]]). ''HMS Exeter'' vaurioitui [[Jaavanmeren taistelu]]ssa [[27. helmikuuta]] [[1942]] saatuaan 8 tuuman kranaatista osuman konehuoneeseen. Hävittäjä ''HMS Electra'' upposi suojatessaan HMS Exeterin irtautumista Surabayaan korjattavaksi.
''HMS Exeterin'' joutui japanilaisten raskaiden risteilijöiden ''Nachi'', ''Haguro'', ''Myoko'' ja ''Ashigara'' sekä niitä suojaavien hävittäjien ''Akebono'', ''Ikazuchi'', ''Inazuma'', ''Yamakaze'' ja ''Kawakaze'' yllättämäksi saapuessaan [[Sundasalmi|Sundasalmeen]] 1. maaliskuuta. Kohtaamisesta alkoi toinen Jaavanmeren taistelu, jonka alussa ''HMS Exeteriin'' osunut kranaatti vei kaiken tehon aluksesta. Aluksen jo upotessa siihen osui japanilaisen hävittäjän ''Inazuman'' laukaisema torpedo. Myös ''HMS Exeterin'' saattajat hävittäjät ''HMS Encounter'' ja ''USS Pope'' upposivat, vaikka ''USS Pope'' kykenikin aluksi pakenemaan niin lentokoneet upottivat sen vain muutamaa tuntia myöhemmin.
Merestä pelastettiin japanilaisten sotavangeiksi noin 800 brittiläistä ja amerikkalaista merimiestä, joiden joukossa ''HMS Exeterin'' kapteeni Oliver Gordon.
