TalvisotaanTalvisodan hänkynnyksellä osallistuiIsakson siirtyi aluejärjestelmän mukaisesti lokakuussa 1939 [[5. Divisioona (talvisota)|5. Divisioonan]] komentajanakomentajaksi ja osallistui taisteluihin Karjalan kannaksen keskilohkolla. Välirauhan ja Jatkosodanmuun aikanamuassa häntorjui toimiSumman-Lähteen aluksialueella Päämajanvihollisen järjestelyosastonläpimurtoyrityksen. päällikkönä,Tammikuussa muttaYlipäällikkö komennettiinveti rintamallekovia vuonnakokeneen 1944Isaksonin ja hänelle annettiindivisioonan [[7. Divisioona (jatkosota)Väliasema|7. DivisioonanV-asema]]an komentajan(väliasema) tehtävät, jonka komentajana hän osallistui taisteluihin Syvärillälinnoitustöihin ja Laatokanylipäällikön karjalassareserviksi.
Välirauhan ja Jatkosodan aikana hän toimi aluksi Päämajan järjestelyosaston päällikkönä, mutta komennettiin rintamalle vuonna 1944 ja hänelle annettiin [[7. Divisioona (jatkosota)|7. Divisioonan]] komentajan tehtävät, jonka komentajana hän osallistui taisteluihin Syvärillä ja Laatokan karjalassa.
