Fontana syntyi [[Bologna]]ssa. Hänen isänsä oli tunnustettu renessanssin taidemaalari [[Prospero Fontana]]. Lavinian varhaisin tunnettu, nykyisin kuitenkin kadonnut, teos on vuodelta [[1575]]. Hän tuli tunnetuksi muotokuvien tekijänä, mutta loi myös laajoja uskonnollisia teoksia.
Fontana meni vuonna [[1577]] naimisiin Paolo Zappin kanssa. Hän synnytti yksitoista lasta. Perhe muutti vuonna [[1603]] paavi [[Klemens VIII]]:n kutsusta [[Rooma]]an, jossa Fontana kuoli 1614.
Fontanalta on säilynyt 32 työtä, joiden tiedetään varmuudella olevan hänen. Huomattava osa tuotannosta on kadonnut vuosisatojen saatossa, ja osa lienee mennyt väärän taiteilijan nimiin.
