Muutamaa päivää myöhemmin Berliinin senaatti organisoi mielenosoituksen Yhdysvaltain tueksi. Tuolloin mielenosoittajat kantoivat julisteita, joissa Dutschke nimettiin valtioviholliseksi numero 1.
Oikeistolaisen vihakampanjan sokaisema saksalainenSaksalainen työmies [[Josef Bachmann]] yritti murhata hänet vuonna [[1968]]. Dutschkeen osui kolme laukausta ja hän kärsi hengenvaarallisia aivovaurioita. Useita tunteja kestänyt leikkaus pelasti kuitenkin hänen henkensä. Bachmannin motiivit eivät koskaan selvinneet täysin. Hänen luotaan löydettiin kuitenkin aineistoa, jonka vuoksi hänellä arveltiin olevan äärioikeistolainen tausta. Opiskelijat puolestaan pitivät syyllisenä [[Axel Springer AG]] -kustantamon lehdissään (esimerkiksi BILD) kuukausia jatkunutta Dutschken vastaista kirjoittelua. Suomessa [[Sinikka Sokka]] ja [[Pekka Aarnio]] levyttivät kappaleen "Kolme luotia Rudi Dutschkeen". Kappaleen sanoissa syytetään silloista liittokansleria sanoin: {{sitaatti|Ja Kiesinger - kelpo natsi! - Hän laukaisi kolmannen Ja valittelun myös lausui Niin myötätuntoisen....}}
Murhayrityksen jälkeen Dutschken puhekyvyn ja muistin palaaminen kesti kuukausia. Vuodesta [[1969]] alkaen hän oleskeli [[Sveitsi]]ssä, sitten [[Italia]]ssa ja [[Englanti|Englannissa]], josta hänet lopulta karkotettiin. Tämän jälkeen Dutschke muutti [[Tanska]]an, jossa hän hoiti dosentuuria [[Århus]]in yliopistossa.
