'''Morfogeenit''' (''kreikaksi'' ''morfe'' = muoto, ''gennan'' = tuottaa) ovat aineita, jotka ohjaavat [[alkio]]n eri osien kehittymistä. [[Morfogeneesi]], jota morfogeenit säätelevät, käynnistää elinten muovautumisen eli [[organogeneesi]]n. Kehittyvän alkion erilaistuvat solut voivat vaikuttaa toistensa käyttäytymiseen morfogeenien avulla. Morfogeeneiksi kutsutaan signaalimolekyylejä, jotka vaikuttavat kohdesoluihinsa yksinkertaista on/off-periaatetta monimutkaisemmin konsentraatiovaihteluiden avulla; suuri [[konsentraatio]] saa kohdesolut kehittymään yhteen suuntaan, pieni toiseen ja näiden välillä olevilla konsentraatioilla vaikutukset muuttuvat asteittain.
Signaalikeskukset, jotka tuottavat morfogeenejä ja niitä sääteleviä molekyylejä ovat alkion väliaikaisia rakenteita. Kun niitä ei enää tarvita muotojen syntymisen kannalta, ne voivat muuttaa muotoaan ja sitä kautta tehtäväänsä tai ne voivat suorittaa ohjelmoidun solukuoleman eli [[apoptoosi]]n.
Signaalikeskukset erittävät omia morfogeenejään tarpeen tullen [[soluvälitila]]an, jolloin konsentraatio on suurin lähinnä oleville soluille, ja hieman kauempana oleville soluille selvästi pienempi. Vaikutukset ovat aina selvästi paikallisia – erittävästä solusta alle 1 mm (poikkeuksena Sonic Hedgehog).
Morfogeenien konsentraatiovaihteluita säätelevät tarkasti kullekin signaalimolekyylille erikseen spesifiset [[inhibiittori]]t, joilla on myös tärkeä, ellei jopa tärkeämpi rooli kuin itse vaikuttavilla molekyyleillä, vaikutusten pitämisessä täsmällisinä ja oikea-aikaisina.
Esimerkiksi sammakon hermoston kehitys alkiokaudella on enemmänkin inhibiittorin kuin morfogeenin ohjaamaa. Sammakon epidermis ja hermosto kehittyvät samasta solukosta ja ilman vaikuttavia tekijöitä solukko kehittyy hermokudokseksi. Alueelle erittyvät morfogeenit ohjaavat kehitystä epidermiksen suuntaan ja tässä vaiheessa inhibiittori (chordin) pitää huolen hermokudoksen normaalista kehityksestä estämällä morfogeenien toimintaa tietyissä soluissa, jolloin näistä soluista kehittyy hermokudosta.
