{{Pääartikkeli|[[Noitavainot Ruotsin valtakunnassa]]}}
Puhdasoppisuuden aikana luterilainenkatsottiin kirkko ryhtyi kitkemään maasta vanhaan suomalaiseen kansanuskoon liittyviä tapoja ja perinteitä kuten [[kalevalainen runous|kalevalaista runoutta]], koska luterilainen usko pyrittiin pitämään puhtaana vieraista vaikutteista. Vuonna 1528 Västeråsin valtiopäivien jälkeen päätettiin, että [[noituus]] ja [[taikuus]] määrätään kuolemalla rangaistaviksi. Kaikkikaikki taikuus selitettiin Jumalan tahdon vastaiseksi ja vahigolliseksi. Vuonna 1575 [[Juhana III]] määräsi, että noitia ja epäjumalan palvojia tulee rangaista ensin ruoskimalla ja tämän jälkeen "tulee menetellä lain ja oikeuden mukaan", mikä käytännössä tarkoitti kuolemantuomiota. Idässä ortodoksinen kirkko oli näitä tapoja kohtaan sallivampi ja siksi Karjalassa monet kansanuskoon liittyneet tavat säilyivät aina 1800- ja 1900-luvulle asti. <ref name="raamattunet"/>
Puhdasoppisuuden aikana keskitetyn hallinnon tehostumisen ja sosiaalisten ristiriitojen lisääntymisen myötä myös noitaoikeudenkäynnit maassa yleistyivät. Noitia ilmiantoivat useimmiten naapurit tai vihamiehet. Suurin osa noituudesta syytetyistä vapautettiin syytteestä ja noin 1500:sta käräjille joutuneesta noin 140 katsottiin syyllisiksi. Noitaoikeudenkäynnit vähenivät ja lopulta loppuivat kokonaan 1700-luvun aikana.<ref name="raamattunet"/>
