Siitonen on ollutoli naimisissa vuodesta 1969 lähtien [[Helsinki|Helsingin]] entisen kaupunginjohtajan, [[kokoomus|Kokoomuksen]] ex-europarlamentaarikon ja entisen [[MTV3|Mainostelevision]] kuuluttajan, [[ylipormestari]] [[Eva-Riitta Siitonen|Eva-Riitta Siitosen]] kanssa. He tutustuivat toisiinsa [[Kulosaaren Casino]]lla vuonna 1967.<ref>{{Verkkoviite|Osoite=http://www.apu.fi/artikkeli/eva-riitta-ja-matti-siitonen-yhdessa-ja-erikseen|Tekijä=Talvitie, Liisa|Nimike=Eva-Riitta ja Matti Siitonen yhdessä ja erikseen|Ajankohta=16.1.2015|Viitattu=25.2.2017}}</ref> Heillä on kaksi lasta, joista edesmennyt tytär [[Hanna-Riikka Siitonen]] tuli tunnetuksi muun muassa [[Taikapeili (yhtye)|Taikapeili]]-duon jäsenenä.
