Vuonna 1898 Bayer toi markkinoille "diasetyylimorfiinin" eli [[heroiini]]n, jota se myi tavaramerkillä ''Heroin''. Yhtiö markkinoi Heroinia muun muassa lääkkeeksi morfiiniriippuvuuteen[[morfiini]]riippuvuuteen. Bayer lopetti heroiinin valmistuksen kansainvälisen lääketieteellisen painostuksen takia vuonna 1913.<ref>{{Kirjaviite | Tekijä = Margarita Russeva| Nimeke = Heroin and Contergan: Crisis Management at Bayer and Grünenthal| Vuosi = 2008| Luku = | Sivu = 2–4| Selite = | Julkaisupaikka = | Julkaisija = | Tunniste = | www = http://books.google.fi/books?id=MTKAYPjClPUC&lpg=PA4&dq=bayer%20heroin%20trademark&pg=PA3#v=onepage&q=bayer%20heroin%20trademark&f=false| www-teksti = | Tiedostomuoto = | Viitattu = 6.6.2010 | Kieli = }}</ref>
Vuonna 2001 Bayer lopetti ''Baycol''-nimisen [[cerivastatiiniserivastatiini]]-kolesterolilääkkeen myynnin, koska Baycol ja samantapainen Lipobay johtivat 52 kuolemantapaukseen. Lääkkeet aiheuttivat kymmenkertaisesti enemmän [[munuaisten vajaatoiminta]]a kuin vastaavat [[statiinistatiinit|statiinilääkkeet]]lääkkeet yleensä.<ref name=BayCol/>
Bayer toimitti 1980-luvulla Aasiaan ja Latinalaiseen Amerikkaan tietoisesti [[verenvuototauti]]lääkitystä, joka oli saastunut [[HIV|HI-viruksella.]]<ref>{{Lehtiviite|Tekijä=Leemon McHenry, Mellad Khoshnood|Otsikko=Blood Money: Bayer’s Inventory of HIV-Contaminated Blood Products and Third World Hemophiliacs|Julkaisu=Accountability in Research|Ajankohta=2014-11-02|Numero=6|Sivut=389–400|Pmid=24785997|Doi=10.1080/08989621.2014.882780|Issn=0898-9621|www=https://doi.org/10.1080/08989621.2014.882780}}</ref>
