Alienin loi androidi nimeltä David, jolla oli erikoisuutena muihin androideihin "ihmismäinen" mieli. Kun David matkasi muiden tutkimusmatkailijoiden kanssa Prometheus-aluksella, mukanaan isäntänsä Mr. WaylandWeyland, planeetalle LV-223, jonka uskottiin antavan alun ihmisrodun synnylle. Tutkijat löysivät temppelin, josta saaneiden DNA-koodien perusteella siellä asunut muinainen laji, Insinöörit, loivat ihmiset. David kiinnostui pylväistä, joissa hän havaitsi yhteyttämistä ja otti yhden niistä mukaansa. Pylväs osoittautui pakkaukseksi, jonka sisältä löytyi mustaa kummallista ainetta.
Davidin testattua ainetta yhteen miehistön jäseneen, hän tajusi sen olevan bioase. Saman tajusi myös tutkija Elizabeth Shaw, joka oli ollut yhdynnässä Davidin koehenkilön kanssa. Yhdynnän seurauksena Elizabethin kehoon oli päässyt vieras olento, joka kuitenkin pystyttiin poistamaan. Sillä aikaa Mr. WaylandWeyland ja muu miehistö menivät tapaamaan Davidin löytämää, elossa olevaa Insinööriä. Insinööri kuitenkin tappoi suurimman osan mm. Mr. WaylandinWeylandin, joka sai tajuamaan, että bioase oli ihmisiä varten. Insinööri lähti viemään bioasetta maahan tappamaan ihmiset. Yrityksen esti kuitenkin miehistön viimeiset eloonjääneet törmäämällä Insinöörin alukseen ja uhraten itsensä. Planeetalle jäänyt Elizabeth Shaw selvisi hengissä, mutta joutui räjäjdyksestäräjähdyksestä selvinneen Insinöörin hyökkäyksen kohteeksi. Onneksi Elizabethin kehossa ollut olio, joka oli kasvanut jättimäiseksi Facehuggeriksi, hyökkäsi Insinöörin kimppuun ja tainnutti tämän. Elizabeth lähti toisen selviytyjän, Davidin, kanssa hakemaan lisää vastauksia kysymyksiinkysymyksiinsä ihmislajin synnystä. Elokuvan lopussa näytetään, kun Insinöörin rinnasta purskahtaa ensimmäinen Alienin alalaji, Deacondeacon.
