Sainio on pelannut [[Suomen naisten jalkapallomaajoukkue]]essa 4748 ottelua. Viimeksi hän oli maajoukkueen mukana huhtikuussalokakuussa 20172020 [[TanskanSkotlannin naisten jalkapallomaajoukkue|TanskaaSkotlantia]] vastaan.<ref>{{Verkkoviite|Osoite=https://www.palloliitto.fi/jalkapallouutiset/suomi-karsi-tappion-tanskalle-0|Nimeke=Suomi kärsi tappion Tanskalle|Tekijä=|Julkaisu=|Ajankohta=11.4.2017|Julkaisija=Suomen Palloliitto|Viitattu=26.12.2017}}</ref> [[Jalkapallon naisten Euroopan-mestaruuskilpailut 2009|Vuoden 2009 EM-kilpailuissa]] hän kuului Suomen aloituskokoonpanoon kahdessa alkulohko-ottelussa sekä puolivälieräottelussa [[Englannin naisten jalkapallomaajoukkue|Englantia]] vastaan.<ref>http://www.uefa.com/womenseuro/season=2009/matches/round=15046/match=304284/index.html</ref><ref>http://www.uefa.com/womenseuro/season=2009/matches/round=15046/match=304290/index.html</ref><ref>http://www.uefa.com/womenseuro/season=2009/matches/round=15047/match=2001418/index.html </ref> Nuorten maajoukkueissa hän pelasi [[Jalkapallon naisten alle 19-vuotiaiden Euroopan-mestaruuskilpailut|alle 19-vuotiaiden EM-kisoissa]] kotikisoissa 2004 sekä 2005 Suomen selviytyessä välieriin sekä [[Jalkapallon naisten alle 20-vuotiaiden maailmanmestaruuskilpailut|alle 20-vuotiaiden MM-kisoissa]] 2006.<ref>http://en.archive.uefa.com/competitions/wunder19/history/season=2005/round=1935/match=81506/report=lu.html</ref><ref>http://www.fifa.com/worldfootball/statisticsandrecords/players/player=237665/index.html</ref>
Sainio palasi maajoukkueeseen vaihtopelaajana 2020 otteluun Suomi - Skotlanti EM-karsinta Helsinki Bolt-Areenalla Suomen voittaessa 1-0. Edellisestä arvokarsintapelistä oli silloin yli 8½ vuotta, mikä on harvinaisen pitkä aika maajoukkueeseen takaisin palaamiseen.
