Knuuttila olion [[Jaakko Hintikka|Jaakko Hintikan]] oppilas. Hän väitteli teologian tohtoriksi Helsingin yliopistosta vuonna 1976 artikkeliväitöskirjalla ''Time and Possibility in Scholasticism''.<ref name="SuomProf"/><ref name="uppslagsverket"/> Hän toimi Suomen Akatemian tutkimusassistenttina vuosina 1976–1978, nuorempana tutkijana vuosina 1978–1980, käytännöllisen filosofian määräaikaisena professorina vuonna 1981.<ref name="SuomProf">{{Kirjaviite | Tekijä=Ellonen, Leena (toim.) | Nimeke=Suomen professorit 1640–2007 | Sivut=307 | Julkaisija=Professoriliitto | Julkaisupaikka=Helsinki | Vuosi=2008 | Isbn=978-952-99281-1-8 }}</ref> Hän on kuulunut kansainvälisen keskiajan filosofian tutkimuksen seuran (Société Internationale pour l'Étude de la Philosophie Médiévale) hallitukseen vuodesta 1987 ja on myös Institut International de Philosophien sekä ''New Synthese Historical Library'' -sarjan toimituskunnan jäsen. Hän toimi [[Suomalainen Tiedeakatemia|Suomalaisen Tiedeakatemian]] esimiehenä vuosina 2004–2006.<ref name="Holopainen">{{Kirjaviite | Luku=Esipuhe | Tekijä=Holopainen, Taina M. & Holopainen, Toivo J. | Nimeke=Sielun liikkeitä: Filosofianhistoriallisia kirjoitelmia | Selite=Simo Knuuttilan 50-vuotisjuhlakirja | Julkaisupaikka=Helsinki | Julkaisija=Gaudeamus | Vuosi=1996 | Isbn 951-662-654-8}}</ref>
Knuuttila on toiminut kahden Suomen Akatemian monitieteellisen tutkimuksen huippuyksikön, ''Mielen historian tutkimusyksikön'' (2002–2007) sekä ''Filosofisen psykologian, moraalin ja politiikan tutkimuksen huippuyksikön'' (2008–2013), johtajana.
