Sairaala toimi Varsinais-Suomen tuberkuloosipiirin kuntainliiton ylläpitämänä tuberkuloosiparantolana vuoteen 1986 saakka. Vuonna 1967 annettiin laki, jonka perusteella oli mahdollista yhdistää tuberkuloosipiirin ja keskussairaalan kuntainliitot.<ref>{{Verkkoviite|osoite=http://www.saunalahti.fi/arnoldus/tubsuomi.html|nimeke=Tuberkuloosin hoito Suomessa|tekijä=|julkaisu=|ajankohta=|julkaisija=|viitattu=}}</ref> Varsinais-Suomessa tuberkuloosipiirin kuntainliitto lakkautettiin vuonna 1987, jolloin Paimion sairaalan toiminta siirtyi Turun yliopistollisen keskussairaan kuntainliitolle. Myös sairaalan omistus siirtyi Tyksille.
Sairaala toimi yksinomaan tuberkuloosiparantolana aina 1960-luvulle saakka. Sen jälkeen rakennus toimi osana [[Turun yliopistollinen keskussairaala|Turun yliopistollista keskussairaalaa]] Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirin keuhko- ja sisätautisairaalana. Vuonna 2014 käyttäjäksi tuli [[Mannerheimin Lastensuojeluliitto|Mannerheimin Lastensuojeluliiton]] lasten ja nuorten kuntoutussäätiö,<ref name="paimio">{{Lehtiviite|Otsikko=Alvar Aalto -säätiö sai rahaa Paimion parantolan ylläpitoon|Julkaisu=Helsingin Sanomat|Ajankohta=20.9.2014|www=http://www.hs.fi/kulttuuri/a1411101551935|Viitattu=25.9.2015|Sivu=C10}}</ref><ref>{{Verkkoviite|Osoite=http://yle.fi/uutiset/paimion_sairaalan_turistikierrokset_joutuivat_vaistymaan_kuntoutustoiminnan_tielta/7409659|Nimeke=Paimion sairaalan turistikierrokset joutuivat väistymään kuntoutustoiminnan tieltä|Tekijä=Koskinen, Paula|Julkaisu=Yle Uutiset|Ajankohta=14.8.2014|Viitattu=25.9.2015}}</ref> mutta rakennus on osittain autio<ref name="yle 20.9.2014">{{Verkkoviite|Osoite=http://yle.fi/uutiset/dollaripotti_paimion_parantolalle_yhdysvalloista/7480929|Nimeke=Dollaripotti Paimion parantolalle Yhdysvalloista|Tekijä=Tammi, Sami|Julkaisu=Yle Uutiset|Ajankohta=20.9.2014|Viitattu=25.9.2015}}</ref>.▼
▲SairaalaTuberkuloosin toimihoitokäytännöt yksinomaanmuuttuivat tuberkuloosiparantolana1950-luvun ainalopulla, 1960-luvullejolloin lääkehoito saakkakehittyi. SenHallimakuuhoidoista jälkeenluovuttiin. rakennusSamalla toimiparani osanaanestesia ja leikkaushoidot korostuivat.<ref>{{Verkkoviite|osoite=http://docomomo.fi/kohteet/paimion-parantola/|nimeke=Paimion Parantola|tekijä=|julkaisu=|ajankohta=|julkaisija=|viitattu=}}</ref> Tuberkuloosipotilaiden määrän vähentyessä painopiste Paimion sairaalassa siirtyi muiden keuhkosairauksien hoitoon. [[Turun yliopistollinen keskussairaala|Turun yliopistollistayliopistollisen keskussairaalaakeskussairaalan]] ja vuodesta 1991 lukien Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirin hallinnassa sairaalassa hoidettiin keuhko- ja sisätautisairaalanasisätautien potilaita. VuonnaTyksin 2014T2-sairaalan käyttäjäksivalmistuttua sairaanhoitopiiri lopetti vuonna 2015 Paimion sairaalan käytön sairaalatoiminnassa. tuli [[Mannerheimin Lastensuojeluliitto|Mannerheimin Lastensuojeluliiton]] lasten ja nuorten kuntoutussäätiö vuokrasi vuonna 2014 sairaalan tiloista kolmanneksen. Kun vuokrasopimukseen kuului lisäksi sairaala-alueen asuntoja, taloustoimistorakennus sekä osa keskusvarastorakennuksesta, vuokrattujen tilojen kokonaismäärä oli noin puolet sairaalan kokonaisneliömäärästä. <ref name="paimio">{{Lehtiviite|Otsikko=Alvar Aalto -säätiö sai rahaa Paimion parantolan ylläpitoon|Julkaisu=Helsingin Sanomat|Ajankohta=20.9.2014|www=http://www.hs.fi/kulttuuri/a1411101551935|Viitattu=25.9.2015|Sivu=C10}}</ref><ref>{{Verkkoviite|Osoite=http://yle.fi/uutiset/paimion_sairaalan_turistikierrokset_joutuivat_vaistymaan_kuntoutustoiminnan_tielta/7409659|Nimeke=Paimion sairaalan turistikierrokset joutuivat väistymään kuntoutustoiminnan tieltä|Tekijä=Koskinen, Paula|Julkaisu=Yle Uutiset|Ajankohta=14.8.2014|Viitattu=25.9.2015}}</ref> mutta rakennus on osittain autio<ref name="yle 20.9.2014">{{Verkkoviite|Osoite=http://yle.fi/uutiset/dollaripotti_paimion_parantolalle_yhdysvalloista/7480929|Nimeke=Dollaripotti Paimion parantolalle Yhdysvalloista|Tekijä=Tammi, Sami|Julkaisu=Yle Uutiset|Ajankohta=20.9.2014|Viitattu=25.9.2015}}</ref><ref>{{Verkkoviite|osoite=https://www.ts.fi/uutiset/paikalliset/467545/MLLn+lasten+ja+nuorten+kuntoutussaatio+muuttaa+Paimion+sairaalaan|nimeke=MLL:n lasten ja nuorten kuntoutussäätiö muuttaa Paimion sairaalaan|tekijä=|julkaisu=|ajankohta=|julkaisija=|viitattu=}}</ref>
