PeliTohtori jatkuu suoraan viime pelin ''[[Crash Bandicoot 2: Cortex Strikes Back]]in'' lopusta, jossa Crash oli kerännyt kaikki jalokivet ja tuhonnut Tri.Neo Cortexin avaruusaseman tohtori Nitrus Brion lasertykillä. Avaruusaseman kappaleet saapuivatputoavat Maan ilmakehään ja osuivat Vamppasaarella olevaan temppeliin. Pelaaja näkee omituisen energiapallon singahtavan temppelistä yön pimeyteen. Samaan aikaan Crashin kotona Crash Bandicoot, Coco Bandicoot, Aku Aku ja Polar ovat ulkona, kun ilkeä nauru kantautuu ilmojen halki. Aku Aku tunnistaa äänen veljensä, ilkeän Uka Uka -naamion ääneksi, ja käskee muita menemään sisälle sanoen, että suuri pahuus on tullut. Temppelistä lähtenyt energiapallo paljastuu ilkeäksi Uka Uka -naamioksi, joka suuntaa avaruuteen pelastamaan Cortexin, jonne tämä oli jäänyt ajelehtimaan avaruusasemansa tuhouduttua. Uka Uka moittii Tri. Cortexia sillä tämä on epäonnistunut jo kahdesti maailmanvalloitussuunnitelmissaan sekä menettänyt kaikki kristallit ja jalokivet. Uka Uka päättää kuitenkin olla tappamatta Cortexia, koska Cortexin epäonnistuminen johti siihen, että temppeliin osunut avaruusaseman kappale vapautti sinne kahlitun Uka Ukan. Ilkeä naamio kertoo varasuunnitelmastaan ja esittelee Cortexille tohtori Nefarious Tropyn. Tropy on keksinyt aikapyörteen, jonka avulla he voivat matkata ajassa ja kerätä kaikki kristallit niiden alkuperäisiltä paikoilta menneisyydessä. Samaan aikaan Crashin kotona Aku Aku kertoo muille siitä, miten hän vuosia sitten vangitsi veljensä Uka Ukan temppeliin tämän väkivaltaisen luonteen takia, ja että koska Uka Uka on nyt vapaana, hänet täytyy pysäyttää. Crash ja kumppanit menevät aikapyörteelle. Aku Aku sanoo, että heidän on löydettävä kristallit ennen Uka Ukaa ja Cortexia.
