Isomeria havaittiin ensimmäisen kerran vuonna [[1828]], kun [[Friedrich Wöhler]] kuumensi [[epäorgaaninen|epäorgaanista]] [[ammoniumsyanaattia]] ja huomasi sen muuttuvan orgaaniseksi [[urea]]ksi, ja että näiden kahden aineen alkuainerakenne on samanlainen aineiden ominaisuuksien ollessa kuitenkin erilaiset.<ref>{{Kirjaviite | Tekijä=McMurry, John | Nimeke=Fundamentals of Organic Chemistry | Sivu = 2 | Julkaisija= Lontoo: Thomson Learning | Vuosi=2003 | Tunniste=ISBN 0-534-39573-2}}</ref> Tämä löydös järisytti sen aikaista [[kemia]]n tietämystä, jonka mukaan [[yhdiste|yhdisteillä]] on erilaiset ominaisuudet niiden erilaisten alkuainerakenteiden takia. Jälkeenpäin tehtyjen samankaltaisten havaintojen jälkeen otettiin käyttöön termi ''isomeria'' selittämään ilmiötä.