Dreyfus sai lauantaiaamuna 13. lokakuuta käskyn saapua siviilivaatteissa esikuntapäällikön luokse<ref name="Kosonen ja Biström 1992, s. 232" />. Häntä odotti kaksi upseeria ja kaksi poliisia. Dreyfusin käskettiin kirjoittaa kirje, jossa hän pyytäisi palauttamaan ”asiakirjat, jotka luovutin teille ennen lähtöäni sotaharjoituksiin”. Hän aloitti kirjeen kirjoittamisen, mutta lopetti sen ja kysyi, mistä oli kyse. Tällöin toinen upseereista ilmoitti pidättävänsä Dreyfusin, koska häntä syytetään [[maanpetos|maanpetoksesta]]. Dreyfus vietiin vankilaan, minkä jälkeen häntä alettiin syyttää seitsenhenkisessä sotaoikeudessa.
TietoTiedon pidätyksestä tulijulkisti julkiensimmäisenä Pariisin[[Édouard lehdistössäDrumont]]in 1Pariisissa julkaisema antisemitistinen päivälehti ''La Libre Parole'' 29. marraskuutalokakuuta.<ref>[http://www.dreyfus.culture.fr/en/the-french-and-the-dreyfus-affair/the-formation-of-public-opinion/the-Press.htm The Press] {{en}} Dreyfus Rehabilitated. Viitattu 27.1.2020.</ref> Lehdistö vaati avointa oikeudenkäyntiä, mutta oikeudenkäynti muutettiin suljetuksi, kun Dreyfusin puolustus oli ensimmäisen kerran viitannut syyttäjän ”ainoaan todisteeseen”, eli Henryn saamaan listaan Dreyfusin esiintyessä ensimmäisen kerran oikeudessa 19. joulukuuta. Todisteita tutki viisi käsialantutkijaa, joista kaksi ilmoitti, ettei Dreyfus ollut kirjoittanut Henryn listaa. Kolmesta muusta asiantuntijasta yksi pyörsi oman todistuksensa myöhemmin. Hän tosin väitti, että Dreyfus oli joko vaihtanut käsialaansa hänen 15. lokakuuta esikuntapäällikön luona kirjoittamassaan kirjeessä tai että koko kirje oli väärennös. Turvallisuuspalvelun Hubert Henryn todistus teki vaikutuksen tuomareihin. Hän väitti tienneensä saksalaisten vakoojasta jo jonkin aikaa, ja oikeussalissa hän osoitti Dreyfusia ja väitti tätä kyseiseksi vakoojaksi. Kun Henryä pyydettiin todistamaan väitteensä, hän totesi että ”on sellaisia salaisuuksia, joita upseeri ei paljasta edes hatulleen”. Neljän päivän oikeudenkäynnin jälkeen tuomarit vetäytyivät miettimään päätöstään. Tuolloin he saivat sotaministeriltä määräyksen tuomita Dreyfus. Samana iltana tuomarit äänestivät yksimielisesti Dreyfusin tuomitsemisen puolesta. Dreyfus vietiin vankeuteen [[Pirunsaari|Pirunsaarelle]] [[Ranskan Guayana]]n rannikolle.<ref name="Kosonen ja Biström 1992, s. 233">Kosonen ja Biström 1992, s. 233.</ref>
