Zjuganov haastoi [[Boris Jeltsin]]in vuoden 1996 presidentinvaalissa, mutta jäi toiseksi (ensimmäisellä kierroksella äänet jakautuivat Zjuganov–Jeltsin 32%–35%). Maaliskuussa 2000 hän jäi taas toiseksi, tällä kertaa [[Vladimir Putin]]ille yli 20 prosenttiyksikön erolla. Zjuganov ei asettunut ehdolle 2004 mutta oli mukana [[Venäjän presidentinvaali 2008|Venäjän presidentinvaaleissa 2008]] ja sai jälleen toiseksi eniten ääniä (17,8 %).
Toisin kuin [[Neuvostoliiton kommunistinen puolue]] vuoden 1956 jälkeen, Zjuganov on pitänyt [[Josif Stalin]]ia avoimesti arvossa.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://kprf.ru/rus_soc/55441.html | Nimeke = Г.А.Зюганов «Интерфаксу»: Сталин был и останется в памяти человечества как великий политик | Tekijä = | Tiedostomuoto = | Selite = | Julkaisu = | Ajankohta = | Julkaisupaikka = | Julkaisija = kprf.ru | Viitattu = 16.5.2009 | Kieli = }}</ref><ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://kprf.ru/rus_soc/64339.html | Nimeke = Г.А. Зюганов: политика И.В. Сталина была абсолютно эффективна | Tekijä = | Tiedostomuoto = | Selite = | Julkaisu = | Ajankohta = | Julkaisupaikka = | Julkaisija = Пресс-служба ЦК КПРФ | Viitattu = 16.5.2009 | Kieli = }}</ref> Zjuganov on myösja julkaissut kirjan<ref>{{Verkkoviite | Osoite = https://yle.fi/uutiset/3-6123143 | Nimeke =Stalin sai itsensä ikoniin | Tekijä = | Ajankohta =27.11.2008 | Julkaisu =Yle Uutiset| Viitattu = 17.1.2020 }}</ref> "''Stalin ja nykyaika''".{{lähde}}<ref>[https://courses.helsinki.fi/sites/default/files/course-material/4676545/LUENTO%209%20%281%29.pptx Luento IX. Suuri isänmaallinen sota.] Kurssimateriaali. Helsingin yliopisto. Viitattu 17.1.2020</ref>
