Uudessa-Seelannissa Mafartin ja Prieurin syytteet muutettiin lopulta tapoksi. Tämä herätti heti kritiikkiä ja syytöksiä siitä, että Ranska ja Uusi-Seelanti olisivat solmineet jonkinlaisen salaisen sopimuksen, mutta pääministeri David Lange kiisti sopimuksen nopeasti julkisuudessa. Todennäköisempää onkin, että Uudessa-Seelannissa pelättiin murhasyytteen kaatuvan vähäisten todisteiden takia.<ref>Deacon 1990, s. 313</ref> 22. marraskuuta Mafart ja Prieur todettiin syyllisiksi ja heidät tuomittiin kymmenen vuoden vankeusrangaistuksiin.<ref>Deacon 1990, s. 314</ref> Ranska yritti sotkeutua oikeudenkäyntiin levittämällä huhuja siitä, että agenttipari ei olisikaan ollut vastuussa pommi-iskusta, vaan että oikeat tekijät olisivat paenneet. Kun siinä ei onnistuttu, he aloittivat työn agenttiensa vapauttamiseksi. Uusi-Seelanti suostuikin siihen, että vangit siirrettiin Ranskaan kuuluvalle [[Hao]]n atollille, missä heidät oli määrä pitää kolmen vuoden ajan.
Vuonna 1987 Ranska maksoi korvaukseksi [[Greenpeace]]<nowiki/>lle 8,16 miljoonaa dollaria<ref>{{citeVerkkoviite news|last1=Willsher|first1=Kim|title=FrenchSpyOsoite who= sank Greenpeace ship apologises for lethal bombing|url=https://www.theguardian.com/environment/2015/sep/06/french-spy-who-sunk-greenpeace-ship-apologises-for-lethal-bombing |accessdate Nimeke =7.5.2016 French spy who sank Greenpeace ship apologises for lethal bombing |publisher Tekijä = | Tiedostomuoto = | Selite = | Julkaisu = | Ajankohta = | Julkaisupaikka = | Julkaisija = The Guardian|date Viitattu =6 8.91.20152020 |ref=FrenchSpyKieli = apologises}}</ref><ref name="Boczek 2005">{{cite book|last1=Boczek|first1=Boleslaw Adam|title=International Law: A Dictionary|date=2005|publisher=The Scarecrow Press, Inc|location=Maryland|isbn=0-8108-5078-8|page=97|url=|accessdate=7 .5.2016}}</ref> <ref>{{Kirjaviite | Tekijä = Boczek Boleslaw | Nimeke = International Law: A Dictionary| Vuosi = | Luku = | Sivu = | Selite = | Julkaisupaikka = | Julkaisija =The Scarecrow Press, | Suomentaja = | Tunniste = | Isbn = | www = https://books.google.co.nz/books?id=NR7mFXCB-wgC&pg=PA97&dq=french+government+apologises+to+New+zealand+for+rainbow+warrior+1986&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwiyj4TbisjMAhUhGqYKHf8WD3oQ6AEIGzAA#v=onepage&q=french%20government%20apologises%20to%20New%20zealand%20for%20rainbow%20warrior%201986&f=false |accessdate www-teksti =7 | Tiedostomuoto = | Viitattu = 8.51.20162020 | Kieli = }}</ref> ja esitti virallisen anteeksipyynnön. Ranska maksoi myös korvauksia Pereiran perheelle, korvasi hänen henkivakuutusyhtiölleen 30 000 guldenia ja maksoi 650 000 frangin suuruiset korvaukset Pereiran puolisoolle ja 1,5 miljoonaa frangia Pereiran kahdelle lapselle ja 75 000 frangia Pereiran vanhemmille.<ref>{{citeKirjaviite book|title Tekijä = | Nimeke =REPORTS OF INTERNATIONAL ARBITRAL AWARDS : Case concerning the differences between New Zealand and France arising from the Rainbow Warrior affair|date Vuosi =6.7.1986|publisher Luku = | Sivu = 199–221| Selite = | Julkaisupaikka = | Julkaisija =United Nations |pages Suomentaja =199–221 |url Tunniste = | Isbn = | www = http://legal.un.org/riaa/cases/vol_XIX/199-221.pdf|accessdate www-teksti =7 | Tiedostomuoto = | Viitattu = 8.51.20162020 | Kieli = }}</ref> Sen jälkeen kun asiasta oli neuvoteltu Uuden-Seelannin kanssa, Ranska oli uhannut vaikeuttaa Uuden-Seelannin lampaanlihan ja voin tuontia, ja varoitukseksi näiden tuotteiden tuonti Ranskan Uuteen-Kaledoniaan estettiin.
Aikaansaatua sopimusta määrättiin valvomaan [[YK:n pääsihteeri]] [[Javier Pérez de Cuéllar]]. Kuitenkin jo syyskuussa 1987 väitettiin, että Mafart ja Prieur toimivat Haolla taistelusukeltajien kouluttajina. Joulukuussa ilmoitettiin, että Mafart oli lennätetty Pariisiin humanitäärisistä ja lääketieteellisistä syistä.<ref>Deacon 1990, s. 315</ref> Prieurkin lennätettiin lopulta saarelta vuonna 1988. Ranskalaiset olivat käyttäneet hyväksi sopimuskohtaa, jossa mainittiin poistumisen olevan mahdollista sairauden tai raskauden sattuessa. Niinpä ensin saarelle lennätettiin Prieurin mies, ja toukokuussa 1988 presidentti [[Jacques Chirac]] järjesti Prieurin pois saarelta raskauteen vedoten.<ref>Deacon 1990, s. 316</ref>
