HPV-rokote ei sisällä eläviä viruspartikkeleita, joten sen käyttöön ei liity HPV-viruksen aiheuttaman infektion riskiä. Joka toisella rokotteen saaneista esiintyy kuitenkin ohimenevää päänsärkyä, ja joillain rokote aiheuttaa myös kuumetta, oksentelua, ripulia tai lihassärkyä.<ref name="THL" />
Terveyden- ja hyvinvoinnin laitos THL toteutti vuosina 2013–2016<ref name=tutkimus>[https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0264410X18309253?token=244005AAE675B88DB816A47C9D95C629F93783BF9BBD1C206F636C0BA12495B4C2FF2B320D0BD6AF7E9E2691D18E3EFA The association of adverse events with bivalent human papilloma virusvaccination: A nationwide register-based cohort study in Finland. https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0264410X18309253?token=244005AAE675B88DB816A47C9D95C629F93783BF9BBD1C206F636C0BA12495B4C2FF2B320D0BD6AF7E9E2691D18E3EFASivut 5930, 5931 {{selvennä|sivunumeroita ei ole}} </ref> tutkimuksen 11–15-vuotiaille tytöille annetusta HPV-rokotteesta, jossa selvitettiin rokotteen riskiä lisätä autoimmuunisairauksia. Tutkittavia oli noin 240 000, joista noin puolet otti rokotteen.<ref>Tyttöjen HPV-rokote ei lisää riskiä sairastua autoimmuunisairauksiin. 20.8.2018. https://www.rokotustieto.fi/uutiset/tyttojen-hpv-rokote-ei-lisaa-riskia-sairastua-autoimmuunisairauksiin</ref> Tutkimus oli terveydenhuollon rekistereihin peustuva väestötutkimus, jossa tutkittiin, oliko rokotetuille annettu sairaaloissa rokottamattomia enemmän tutkimuksessa tarkastateltuja 38 sairausdiagnoosia. Perusterveydenhuollossa ja yksityislääkärikäyntien yhteydessä annettuja diagnooseja ei huomioitu lainkaan<ref>Theassociation of adverse events with bivalent human papilloma virusvaccination: A nationwide register-based cohort study in Finland. Sivut 5931. https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0264410X18309253?tokenname=244005AAE675B88DB816A47C9D95C629F93783BF9BBD1C206F636C0BA12495B4C2FF2B320D0BD6AF7E9E2691D18E3EFA<tutkimus/ref>. Tutkimuksen tuloksena oli, että rokotetuilla esiintyi 8008 %kertaa enemmän enemmän säärten etupinnoille ilmaantuvaa kyhmyruusua kuin rokottamattomilla, 5005 %kertaa enemmän enemmän Schwannin solun myeliinituppeja vaurioittavaa hermojuuritulehdusta eli [[Guillain-Barrenin oireyhtymä]]ä, ja lähes 2002 %kertaa enemmän [[Systeeminen lupus erythematosus|systeemistä lupus erythematosusta]]. [[Monimuotoinen paikallinen kipuoireyhtymä|Monimuotoista kipuoireyhtymää]] taas esiintyi 66 % vähemmän rokotetuilla kuin rokottamattomilla.<ref>Theassociation of adverse events with bivalent human papilloma virusvaccination: A nationwide register-based cohort study in Finland. Kuva 3 sivulla 5931. https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0264410X18309253?tokenname=244005AAE675B88DB816A47C9D95C629F93783BF9BBD1C206F636C0BA12495B4C2FF2B320D0BD6AF7E9E2691D18E3EFA<tutkimus/ref> Tutkimuksessa todettiin kuitenkin, että se toi esiin ainoastaan osan sairaaloissa käyneistä kroonista väsymysoireyhtymää, POTS:ia ja monimuotoista kipuoireyhtymää sairastavista potilaista, koska näitä sairauksia sairastaville annetaan usein väärä diagnoosi tai he jäävät kokonaan ilman diagnoosia<ref>Theassociation of adverse events with bivalent human papilloma virusvaccination: A nationwide register-based cohort study in Finland. Sivut 5930. https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S0264410X18309253?tokenname=244005AAE675B88DB816A47C9D95C629F93783BF9BBD1C206F636C0BA12495B4C2FF2B320D0BD6AF7E9E2691D18E3EFA<tutkimus/ref>. Tutkimusasetelmassa ei huomioitu myöskään sitä, että autoimmuunisairauteen sairastumisen ja diagnoosin saannin välillä kuluu usein monta vuotta<ref>Autoimmune Disease in Women. American autoimmune related diseases association. https://www.aarda.org/autoimmune-information/autoimmune-disease-in-women/</ref><ref>Kirjallinen kysymys KK 57 2018 vp. https://www.eduskunta.fi/FI/vaski/Kysymys/Documents/KK_57+2018.pdf</ref>.
