Bautista ajoi uransa ensimmäisen RR-kilpailun vuonna [[2002]], Espanjan TT-ajoissa. Hän ajoi kaudella kaksi muuta kilpailua, mutta ei saavuttanut kuitenkaan yhtään pistettä. SeuraavallaSeuraava kaudellakausi meni häneltä meni ihanjo hyvin, mutta sitä seuraavalla kaudella hän oli jo seitsemäs MM-sarjassa.sarjan Hänseitsemäs, olisijoittuen kerran toinentoiseksi ja kolme kertaa kolmaskolmanneksi. Seuraava kausi oli taasKausi melko2005 laillasujui opetteluaalavireisesti, mutta kaudenkaudella [[2006]] Bautista voitti maailmanmestaruuden lisäksi ensimmäisenä kuljettajana kaksi kilpailua peräkkäin sitten vuoden [[2001]] [[ranska]]laisen [[Arnaud Vincent]]in. Ensimmäisen paalupaikkansa Bautista otti [[Qatar]]in kilpailussa.
