Koulutus jatkuu 26 viikon SQT-kurssilla, jossa syvennytään mm. suunnistukseen, pienryhmätaktiikkaan, lähitaisteluun, tarkka-ammuntaan, viestikoulutukseen, lääkintäkoulutukseen, vesistökoulutukseen, taistelusukellukseen ja taktisiin laskuvarjohyppyihin. Tässä vaiheessa SEAL-kandidaatien on suoritettava myös selviytymiskoulutus (SERE eli Survival, Evasion, Resistance, Escape). SQT-kurssin läpäisseet saavat rintaansa SEAL-tunnuksen (Trident eli Naval Special Warfare Insignia). Sen jälkeen heon käyvät Alaskassaohjelmassa kolme viikkoa kestävänkestävä kylmän sään operaatioiden kurssinkurssi Alaskassa ennen siirtymistäänsiirtymistä operatiiviseen SEAL-joukkueeseen. Ennen ensimmäistä ulkomaankomennusta heillä on edessäänedessä vielä 18 kuukauden koulutus, joka jakautuu kolmeen kuuden kuukauden jaksoon. Näistä ensimmäinen keskittyy yksittäisen SEALin koulutukseen (PRODEV, Professional Development), toinen SEAL-joukkueen koulutukseen (ULT, Unit Level Training) ja kolmas SEAL Teamin eli laivueen koulutukseen (SIT, Squadron Integration Training). Puolen vuoden ulkomaankomennusta seuraa taas vastaava 18 kuukauden koulutusjakso. Erikoistuminen omaan tehtävään tapahtuu esimerkiksi viestikoulussa (SEAL Communication School) tai tiedustelija-tarkka-ampujakurssilla (Scout-Sniper Course). Lääkintämiehiksi valitut SEALit käyvät yhdessä muiden aselajien erikoisjoukkojen sotilaiden kanssa maavoimien järjestämän erikoisoperaatioiden lääkintäkurssin (Joint Special Operations Medical Training Course).<ref>{{Kirjaviite|Tekijä=Dick Couch|Nimeke=The Finishing School. Earning the Navy SEAL Trident|Vuosi=2004|Sivu=198|Julkaisija=Three Rivers Press|Kieli={{en}}}}</ref> SEALien on mahdollista suorittaa myös muita maavoimien erikoiskursseja, kuten Ranger- tai Pathfinder-kurssi.<ref>{{Kirjaviite|Tekijä=Mir Bahmanyar|Nimeke=US Navy SEALs|Vuosi=2005|Sivu=6-7|Julkaisija=Osprey Publishing | Kieli = {{en}} }}</ref>
