[[PoPa]]:sta [[FC Haka|Hakaan]] loppuvuodesta [[2005]] siirtynyt Viljanen debytoi edustusjoukkueessa tulokaskaudellaan [[Veikkausliiga-kausi 2006|2006]]. Mainiosti debyyttikaudellaan [[Jarkko Okkonen|Jarkko Okkosen]] toppariparina pelannut Viljanen nousi hyvien otteidensa kautta aina Suomen olympiajoukkueeseen asti. Vuoden 2006 loppukesä kului reisivamman takia kuntosalin puolella takareittä kuntouttaessa .
Vuoden [[Veikkausliiga-kausi 2007|2007]] Viljanen aloitti harjoittelun joukkueen mukana, mutta talvi sai ikävän alun, kun repeytynyt takareisi ei kestänyt harjoittelua. Näin ollen maaliskuussa 2007, Viljasen takareisi operoitiin, ja edessä oli kuntouttamis jaksokuntouttamisjakso. Pelikentille hän pelasi kesäkuun lopussa kotipelissä [[AC Oulu]]a vastaan. Viljasen huono tuuri jatkui [[UEFA Cup]]in ottelua edeltäneessä lämmittelyssä, kun vasemman nilkan nivelsiteet venähtivät pahasti. Ja juuriJuuri kun vammasta nopea toipuminen antoi mahdollisuuden, niin ottelussa [[TamU|Tampere Unitedia]] vastaan Viljasen oikean nilkan nivelsiteet, menivät poikki. Viljanen ehti kuntoutua vielä kauden neljään viimeiseen peliin, ja kuului näissä avauskokoonpanoon. Vuonna 2007 Viljaselle kertyi loukkaantumisista johtuen vain 10 veikkausliigaotteluaVeikkausliigaottelua sekä yksi esiintyminen UEFA Cupissa.
Helmikuussa 2008 Viljanen matkusti 21-vuotiaiden maajoukkueen mukana Espanjan La Mangaan pelileirille. Siellä hän pelasi kahdesta pelistä ensimmäisen kokonaan, mutta toisessa pelissä istui vaihtopenkillä. Viljanen on esiintynyt kuluvalla kaudella 13 liigaottelussa, kun liigaa on pelattu 14 kierrosta: 12 kertaa avauskokoonpanossa, sekä kaksi kertaa Uefa cupin otteluissa, ja kerran Suomen cupin ottelussa.
Joulukuussa 2009 FC Haka purki Viljasen pelaajasopimuksen yhteisymmärryksessä huonon taloudellisen tilanteen vuoksi. [[21. joulukuuta]] 2009 [[Satakunnan Kansa]] julkaisikertoi Viljasen tehneen 1+1 vuotisen sopimuksen Porin Palloilijoiden kanssa.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.satakunnankansa.fi/cs/Satellite/Urheilu/1194632398941/artikkeli/petri+viljanen+palaa+poriin.html | Nimeke = Petri Viljanen palaa Poriin | Ajankohta = 21.12.2009 | Julkaisija = satakunnankansa.fi | Viitattu = 21.12.2009}}</ref>
[[15. toukokuuta]] [[2009]] [[Suomen alle 21-vuotiaiden jalkapallomaajoukkue|Suomen alle 21-vuotiaiden maajoukkueen]] päävalmentaja [[Markku Kanerva]] valitsi Viljasen 40:n pelaajan ehdokaslistalle, josta valitaanvalittiin lopullinen alle 21-vuotiaiden joukkue [[15. kesäkuuta]] - [[29. kesäkuuta]] [[Ruotsi|Ruotsissa]] pelattavaan EM-lopputurnaukseen.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.palloliitto.fi/viestinta/?num=142751 | Nimeke = Kanerva nimesi 40 pikkuhuuhkajaa EM-turnauslistalle | Ajankohta = 15.5.2009 | Julkaisija = Palloliitto | Viitattu = 16.5.2009}}</ref><ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.veikkausliiga.hs.prewise.com/News.aspx?type=1&ID=34327 | Nimeke = Kanervan ehdokaslistalla 23 liigapelaajaa | Ajankohta = 15.5.2009 | Julkaisija = Veikkausliiga | Viitattu = 16.5.2009}}</ref>
