Viime vuosina Navy SEALsin maine on kärsinyt sotarikossyytöksistä. Kolmea Navy SEALiä syytettiin vankien kidutuksesta ja pahoinpitelyistä Afganistanissa vuonna 2012.<ref>{{Verkkoviite | Osoite =http://www.iltasanomat.fi/ulkomaat/art-1450660494901.html | Nimeke = NYT: Raportti paljastaa järkyttäviä väitteitä Yhdysvaltojen Navy Seal -sotilaista| Tekijä =Tea Manninen | Tiedostomuoto = html| Selite = | Julkaisu =Ilta-Sanomat | Ajankohta =21.12.2015 | Julkaisupaikka = NYT: Raportti paljastaa järkyttäviä väitteitä Yhdysvaltojen Navy Seal -sotilaista| Julkaisija = | Viitattu = 21.12.2015 | Kieli = suomi}}</ref> Kahta SEALiä epäiltiin Yhdysvaltain maavoimien erikoisjoukkojen eli Vihreiden barettien kersantin kuristamisesta kuoliaaksi Malissa vuonna 2017.<ref>{{Verkkoviite|osoite=https://www.nytimes.com/2017/11/13/us/politics/navy-seals-green-beret-death-mali.html?module=inline|nimeke=Navy SEALs Investigated in Green Beret's Death Also Under Scrutiny in Theft|tekijä=John Ismay, Eric Schmitt & Thomas Gibbons-Neff|julkaisu=The New York Times|ajankohta=13.11.2017|julkaisija=|viitattu=23.6.2019}}</ref> SEAL-joukkueen johtajaa, pursimies Edward Gallagheria syytettiin siviilien umpimähkäisestä ampumisesta ja 15-vuotiaan haavoittuneen vangin puukottamisesta kuoliaaksi Irakissa vuonna 2017.<ref>{{Verkkoviite|osoite=https://www.iltalehti.fi/ulkomaat/a/da1dd355-6260-4655-a873-b04980c2517c|nimeke=USA:n eliittijoukkojen sotilas syytteessä sotarikoksista - ammuskeli umpimähkään siviilejä, puukotti 15-vuotiaan vangin kuoliaaksi|tekijä=Katriina Mäkelä|julkaisu=Iltalehti|ajankohta=11.5.2019|julkaisija=|viitattu=23.6.2019}}</ref>
