Jennerin ensimmäinen aviomies ja neljän ensimmäisen lapsensa isä menehtyi syöpään vuonna 2003.
Hänellä on yhteensä 910 lastenlasta, joista kolme ovat hänen vanhimman tyttärensä Kourtneyn lapset vuonna 2009 syntynyt Mason, vuonna 2012 syntynyt Penelope ja päivälleen tasan viisi vuotta Masonia myöhemmin syntynyt Reign. Seuraavat kolmeneljä lastenlasta ovat Kimin lapset vuonna 2013 syntynyt North, vuonna 2015 syntynyt Saint sekä, vuonna 2018 syntynyt Chicago,jokasekä 2019 syntynyt Psalm. Chicago ja Psalm hankittiin sijaissynnyttäjän avulla. Lisäksi hänen lapsenlapsiinsa kuuluu Robin syksyllä 2016 syntynyt tytär Dream, Kylien vuonna 2018 syntynyt tytär Stormi<ref>{{Verkkoviite |osoite=https://www.mirror.co.uk/3am/celebrity-news/kylie-jenner-baby-daughter-name-11982295 |nimeke=Kylie Jenner reveals daughter's name - and it's very unusual |tekijä=Kindon, Frances |julkaisu=mirror |ajankohta=2018-02-07 |viitattu=2018-02-10}}</ref> sekä Khloén samana vuonna syntynyt tytär True.
Jennerillä on yksi sisar nimeltään Karen. Hänen äitinsä nimi on Mary Jo. Perhe kutsuu häntä nimellä MJ.
