Pyykösjärvi saa vetensä lukuisista ympäristön laskuojista, ja laskee [[Laholaisoja]]a pitkin [[Kuivasjärvi (Oulu)|Kuivasjärveen]] ja sitä kautta [[Perämeri|Perämereen]]. Järven valuma-alueen koko on noin 4,3 [[neliökilometri]]ä käsittäen lähivaluma-alueen lisäksi Hiltusenperänojan valuma-alueen. Tulva-aikana valuma-alueen koko kasvaa 9,7 neliökilometriin.
Järven tila on huonontunut [[1980-luku|1980-luvun]] jälkeen merkittävästi johtuen muutamasta perussyystä. Suurimman osan vuotta järveen tulee vettä luontaisesti lähinnä sateena sekä asutusalueilta huuhtoutuvina hulevesinä, ja varsinkin kuivina kesinä järven pinta alenee havaittavasti. Järven suurin tulo-oja, Ruskonoja, ohjattiinoikaistiin jo 1960-luvulla virtaamaan suoraan Pyykösjärvestä lähtevään Laholaisojaan, ja nykytilanteessa Ruskonojan vesiä pääsee järveen asti vain keväällä entisen purku-uoman tulviessa. KaikkiaanJärveen Pyykösjärvitulee saavettä siis vettäluontaisesti riittämättömästienää sateena ja asutusalueilta huuhtoutuvina hulevesinä, ja tulovedethulevedet ovat usein huonolaatuisia. Järven rehevöityminen on ollut voimakasta jo vuosikymmenten ajan. Järveä alettiin ilmastaa talvisin 1980-luvun puolivälissä kalakuolemien ehkäisemiseksi. Ilmastus jatkui vuoteen 2010 saakka.
SekäJärveä Kuivasalettiin ilmastaa talvisin 1980-luvun ettäpuolivälissä kalakuolemien ehkäisemiseksi. Pyykösjärvelle ja alemmalle Kuivasjärvelle laadittiin vuonna 2004 kunnostussuunnitelma. Vuonna 2010 valmistui pumppaamo ja paineputki, joilla Oulujoen hyvälaatuista vettä johdetaan Pyykösjärveen talvisin kolmen kuukauden ajan parantamaan rehevän järven happitilannetta. LisävesitystenLisäveden ansiosta kalakuolemilta on vältytty, ja järven yleinen kunto on ollut viime vuosina hitaasti kohenemaan päin. JärvenPyykösjärven ravinnetasot ovat kumminkin edelleen suuria, sillä ravinnepitoista pohjalietettäpohjaliejua on monin paikoin toista metriä paksu kerros. Sinileväkukinnot ovat jatkossakin kesäisin mahdollisia.
