[[17. kesäkuuta]] [[1861]] Bee nimitettiin prikaatinkenraaliksi prikaatiin joka mobilisoitiin Manassas Junctionissa.
Hän sai komentoonsa kolmannen prikaatin [[Shenandoah]]inShenandoahin armeija (Konfederaatio)|Shenandoahin armeijassa]] prikaatinkenraali [[Joseph E. Johnston]]in alaisena. Ensimmäisen Bull Runin taistelun aikana hänen on sanottu antaneen lempinimen Stonewall Thomas J. Jacksonille ja koko tämän Stonewall-prikaatille. (On väitelty oliko tämä ihailua vai tarkoitettu loukkaukseksi kun Jacksonin miehet eivät edenneet). Bee haavoittui kuolettavasti kun etelävaltiot olivat saavuttamaisillaan yliotteen taistelukentällä. Hän kuoli seuraavan päivänä ja on haudattu Pendletoniin Etelä-Carolinaan.
Hänen veljensä [[Hamilton P. Bee]] oli myös konfederaation kenraali.