Alun perin kääpiösnautsereita käytettiin rotta- ja vahtikoirina. Häntiä ja korvia alettiin typistää rotanpuremien ehkäisemiseksi.
Suomeen ensimmäiset kääpiösnautserit tulivattuotiin 1920vuonna 1956 Alankomaista. Vuoden 1964 paikkeilla niitä oli Suomessa satakunta.<ref>{{Lehtiviite | Otsikko =Koiramaailmassa tapahtuu | Julkaisu =Helsingin Sanomat | Ajankohta =1963-luvulla12-16 | Sivu =6 | www =https://www.hs.fi/lehti/hsarchive/1963-12-16/6 | www-teksti = Näköislehden aukeama (tilaajille)}}</ref><ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.sksk.fi/kaapiosnautseri | Nimeke = Kääpiösnautserit Suomessa | Julkaisija = Suomen Kääpiösnautserikerho ry | Viitattu = 24.11.2018 }}</ref>. Nykyisin rotu on Suomessa suosittu ja vuonna 2006 sitä rekisteröitiin yli 900 yksilöä, seitsemänneksi eniten kaikista koiraroduista. Vuonna 2016 kääpiösnautseri oli rekisteröintitilastossa kymmenennellä sijalla<ref>[http://yle.fi/uutiset/3-9413474 Lapinkoiran suosio nousee, labradorinnoutaja kärjessä jo seitsemän vuotta], Yle Uutiset 19.1.2017. Viitattu 24.1.2017.</ref>.
