[[Tiedosto:RSC 0022 - transparent background.png|thumb|upright=1.25|Caesar oli ensimmäinen ihminen, joka kuvattiin Rooman tasavallan kolikossa jo elinaikanaan.]]
Päätös ei tyydyttänyt kaikkia osapuolia. Pothinus ja Ptolemaios karkasivat palatsista, nostattivat mellakoita ja lietsoivat vastarintaa. Aleksandrian kuninkaallinen palatsi joutui pian piiritetyksi. Ptolemaioksen vastustus sinetöi Caesarin ja Kleopatran liittolaisuuden.<ref>Crompton 2003 s. 80-82</ref> Caesarin avuksi riensi lopulta [[Pergamon]]inhänen kuningasliittolaisensa [[Mithridates (Pergamon)|Mithridates pergamonilainen]] ja muita roomalaisille uskollisia joukkoja.<ref>Josephus, Juutalaissodan historia, 1.187–192</ref> Heidän avullaan Caesar sai lyötyä Ptolemaioksen joukot niin merellä kuin maalla. Sisällissota ratkesi [[Niilin taistelu (47 eaa.)|Niilin taistelussa]] ja pakoon ajettu Ptolemaios kuoli tapaturmaisesti. Caesar asetti Kleopatran valtaistuimelle. Kleopatra meni myös tavan mukaan naimisiin nuoremman veljensä [[Ptolemaios XIV]]:n kanssa. Vaikka Caesarilla oli yhä vastustajia Egytissä, Kleopatra houkutteli Caesarin jäämään lomalle, kaksi kuukautta kestäneelle Niilin yläjuoksulle suuntautuneelle jokiristeilylle. Loman jälkeen Caesar palasi Roomaan jättäen taakseen avioliittoa toivoneen Kleopatran, joka synnytti pian pojan, [[Ptolemaios XV]]:n. Kuningatar nimesi Caesarin pojan isäksi, mitä tämä ei koskaan julkisesti tunnustanut.<ref>Kamm 2006, s. 116-121</ref>
