Sinileväkukinnoista yli puolet onovat myrkyllisiä. Sinibakteereissa on kahdenlaisia myrkkyjä, [[Maksamyrkky|maksamyrkkyjä]] ja [[Hermomyrkky|hermomyrkkyjä]].<ref>Tuomisto J. 100 kysymystä ympäristöstä ja terveydestä: arsenikista öljyyn, s. 39-40. Kustannus Oy Duodecim, Helsinki 2007. Verkossa englanniksi http://en.opasnet.org/w/arsenic_to_zoonoses</ref> Maksalle myrkylliset sinilevät ovat yleisempiä kuin hermostolle myrkylliset. Myrkkyihin kuolee satunnaisesti lehmiä ja koiria, mutta Suomessa ei ihmisille ole aiheutunut vakavia myrkytyksiä. Sinibakteereja sisältävässä vedessä uimisesta voi tulla ihottumaa, päänsärkyä ja kuumetta. Järvivedestä otetussa puhdistetussa juomavedessä ei sinibakteerimyrkkyjä ole merkittäviä määriä.
