Anna Sasaki on 12-vuotias tyttö joka asuu perheensä kanssa Sapporossa, Japanissa. Annan oikeat vanhemmat kuolivat auto-onnettomuudessa kymmenen vuotta aiemmin. Hän on usein hyvin masentunut ja lisäksi Annalla on astma. Niinpä hänet lähetetään täti ja setä Oiwan luo maalle kesken lukukauden. Maalle saavuttuaan Anna näkee vanhan meren rannalla seisovan kartanon. Se näyttää autiolta ja onkin hyvin huonossa kunnossa. Hän näkee seuraavana yönä unta että kartanon ikkunassa loistaaloistavasta valovalosta ja siellä näkyynäkyvästä Annan ikäinenikäisestä vaaleahiuksinenvaaleahiuksisesta tyttötytöstä, jonka hiuksia kampaaon kampaamassa vanha mummo. Anna kysyy kartanosta tädiltään ja sedältään., Niinja niin hän saa selville, että kartano on ollut kauan tyhjillään ja että siellä asui kerran joku rikas ulkomaalainen. Anna käy myös juhlissa illalla, mutta ne eivät mene kovin hyvin. Hän ryntää pois juhlapaikalta meren rantaan ja löytää rannasta soutuveneen. Anna soutaa kartanon luo ja tapaa siellä salaperäisen vaaleahiuksisen tytön. He tapaavat jälleen seuraavana iltana ja lähtevät yhdessä soutamaan sekä lupaavat etteivät kerro muille siitä mitään. Tyttö osoittautuu kartanossa rikkaiden vanhempiensa kanssa asuvaksi Marnieksi.
Marnie on hyvin iloinen ja elämänhalua pursuava tyttö. Hän piristää Annaa joka on lähes aina allapäin. Pian alkaa kestävä ystävyys. He tapaavat joka ilta, käyvät yhdessä soutamassa ja jopa tanssivattanssivatkin. Eräänä päivänä Anna istuu meren rannalla piirtämässä kuvaa Marniesta. Marnie saapuukin paikalle ja kehuu piirrosta. He lähtevät metsään poimiaan sieniä ja Anna kertoo olevansa adoptoitu. Hän on myös saanut selville, että adoptiovanhemmat saavat hänesta rahaa. Sen vuoksi Anna on heille katkera. Marniekin kertoo itsestään, hänen kiireisistä vanhemmistaan ja palvelusväestä, joka kiusaa häntä. Kerran he veivät Marnien pelättyyn siiloon mutta pakenivat, koska sieltä kuului outoja ääniä. Vaikka Marnie onkin onnellinen, hän kaipaa silti vanhempiaan. Anna ottaa puheeksi siilon ja taivuttelee ystävänsä käymään siellä. Anna ja Marnie käyvät siilossa, mutta Marnie lähtee sieltä pois oudon pojan kanssa. Anna herää yksin siilossa ja menee kotiin. Hän myös tapaa myöhemmin kauniita maisemia maalaavan Hisako-tädin ja Marnien kartanoon muuttaneen Sayakan.
Marnie katoaa pian Sayakan muuton jälkeen. Annasta ja Sayakasta tulee ystävät ja Sayaka löytää Marnien vanhan päiväkirjan. Siinä hän kertoo rakastamastaan pojasta ja myös tapaamastaan Annasta. Sayaka ja Anna tapaavat Hisakon joka kertoo, että hän ja Marnie olivat hyvät ystävät. Marnien vanhemmat laiminlöivät häntä, mutta silti hän oli silti osittain onnellinen. Marnie rakastui yhteen poikaan ja meni tämän kanssa naimisiin. He saivat lapsen nimeltä Emily. Marnien mies kuoli pian Emilyn syntymän jälkeen ja hän oli hyvin järkyttynyt. Marnie joutui parantolaan ja Emily ei osoittauunutkaan niin kiltiksi tytöksi. Hän itsenäistyi nopeasti ja muutti pois kotoa hyvin aikaisin. Emily sai lapsen ja hän kuoli vuosi syntymän jälkeen auto-onnettomuudessa. Marnie otti lapsen itselleen, muttei kestänyt Emilyn kuoleman tuskaa. Marnien kuoleman jälkeen lapsi joutui lastenkotiin, josta hänet adoptoitiin. Tarina liikuttaa Sayakaa ja Annaa. Pian Annaa tullaan hakemaan ja hänen adoptioäitinsä selittää hänelle, että hän välittää Annasta, vaikka saisikin tästä rahaa. Anna unohtaa katkeruutensa ja saa myös selville, että hänen kartano oli hänen isoäidilleen hyvin tärkeä talo.
