Emanuelin hallintokaudella Portugali oli merkittävässä valta-asemassa ja Euroopan rikkain valtio. Löytöretkiä tuettiin voimakkaasti ja vuonna [[1498]] [[Vasco da Gama]] löysi meritien Intiaan. Vuonna [[1500]] [[Pedro Álvares Cabral]] löysi [[Brasilia]]n, mikä rikastutti Portugalia entisestään. Emanuelin valtakauden viimeisinä vuosina Portugali lähetti ensimmäiset uudisasukkaat Brasiliaan aloittamaan siellä sokerinviljelyä.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://countrystudies.us/portugal/25.htm | Nimeke = Colonization of Brazil | Tekijä = | Ajankohta = | Julkaisu = Portugal: A Country Study. | Viitattu = 24.4.2018 }}</ref>
Emanuel oli kolme kertaa naimisissa. [[Isabella Aragonialainen (Portugali)|Isabella Aragonialainen]] ehti olla naimisissa Emanuelin veljen Alfonson kanssa vuoden 1490 vuoteen 1491 jolloin veli sai surmansa ratsastusonnettomuudessa. Isabella baitettiin vuonna 1497 Emanuelille. Isabella laittoi avioliiton ehdoksi, että Emanuelin piti karkoittaa juutalaiset Portugalista, ja näin tapahtui. Isabellan kuoleman jälkeen hänetEmanuelin naitettiinvaimoksi tuli vuonna 1500 Isabellan Emanuelillenuorempi sisar [[Maria Aragonialainen]]. He saivat kymmenen lasta, joista kahdeksan kasvoi aikuisiksi asti. Näiden joukossa olivat tuleva kuningas [[Juhana III (Portugali)|Juhana III]] ja [[Isabella (Kaarle V:n puoliso)|Isabella]], josta tuli keisari Kaarle V:n puoliso.<ref name="RM">{{Verkkoviite | Osoite = http://reginamag.com/the-tragic-daughters-of-isabella/ | Nimeke =The Tragic Daughters of Isabella | Tekijä = Donna Sue Berry | Ajankohta = | Julkaisu = Regina Magazine | Viitattu = 24.4.2018 }}</ref> Kolmas vaimo [[Eleonoora Itävaltalainen]] oli edeltäjiensä veljentytär. Heidät vihittiin vuonna 1518, ja Emanuel kuoli vuoden 1521 lopulla. Tässä liitossa syntyi kaksi lasta, joista tytär Maria jäi eloon.<ref name="TCO">{{Verkkoviite | Osoite = https://www.thoughtco.com/eleanor-of-austria-3529248 | Nimeke = Eleanor of Austria | Tekijä = | Ajankohta = | Julkaisu = Thought Co | Viitattu = 15.4.2018 }}</ref>
<ref name="RM"/><ref name="RM">{{Verkkoviite | Osoite = http://reginamag.com/the-tragic-daughters-of-isabella/ | Nimeke =The Tragic Daughters of Isabella | Tekijä = Donna Sue Berry | Ajankohta = | Julkaisu = Regina Magazine | Viitattu = 24.4.2018 }}</ref> Kolmas vaimo [[Eleonoora Itävaltalainen]] oli edeltäjiensä veljentytär. Heidät vihittiin vuonna 1518, ja Emanuel kuoli vuoden 1521 lopulla. Tässä liitossa syntyi kaksi lasta, joista tytär Maria jäi eloon.<ref name="TCO">{{Verkkoviite | Osoite = https://www.thoughtco.com/eleanor-of-austria-3529248 | Nimeke = Eleanor of Austria | Tekijä = | Ajankohta = | Julkaisu = Thought Co | Viitattu = 15.4.2018 }}</ref>
