Jengi palaa nykyaikaan, jossa kaikki on muuttunut. Bentley sai selville että Le Paradox on itse varassuvusta ja suurta onkin että hänen isänsä aikoo varastaa maailman suuren timantin museosta ja lavastaa Slyn isän rikokseen paitsi että hän joutui itse kiinni, koska hän oli liian hidas ja Slyn isä nappasi timantin maan alta käsin. MenetettyäänIsänsä isänsämenettämisen jälkeen Le Paradoxilla ei ollut ketään kouluttamassa häntä perheyritykseen, ja epäonnistuneiden keikkojen jälkeen hän päätyi vankilaan. Kohtalon oikustaMutta siellä hän sai rikos-koulutuksensa kohtalon oikusta. VapauduttuaanVapautumisen jälkeen Le Paradox piti lainkuuliaisen kansalaisen kulissia yllään, todellisuudessa hän käytti vankila kontaktejaan muodostaakseen oman rikos jenginsä ja alkoi suunnitella ryöstöjä. Nykyään hän matkustelee taiteita keräilevänä miljardöörinä vaikka oikeastaan hän salakuljettaa varastettuja aarteita. Le Paradox juonii kostoa Cooperin-suvulle oman suvun ongelmista. Aikaa ei ole hukattavaksi, joten Sly murtautuu Le Paradoxin ilmalaivaan, mutta jää ansaan. Bentley ja Murray hakevat esi-isät menneisyydestä ja he lähtevät pelastamaan Slyta. Ensin Rioichi saa takaisin oman keppinsä. Seuraavaksi Hän auttaa "Bobia" saamaan keppinsä ja katoaa, sitten "Bob" auttaa Salimia ja katoaa, sitten Salim auttaa Gallethia ja katoaa. Galleth auttaa Tenesseetä saamaan aseensa ja katoaa. Tennessee estää Le Paradoxia ja samalla auttaa Slytä ja Carmelitaa pääsemään ulos kuvusta, jossa he ovat vankina ja katoaa. Aikakone särkyy Le Paradoxin vahingon takia, koska hän yritti listiä Slyn. Sly käy taistoon Le Paradoxin kanssa ja voittaa lisäksi Le Paradox varasti hänen liitovarjonsa paetakseen ja törmäsi lentokoneen peräsimeen samalla putosi Seine-jokeen. Sly imeytyy madonreikään ilmalaivan mukana muinaiseen egyptiin. Le Paradox saa maailman suuresta rikoksesta elinkautisen eristys-selli tuomion ja hänen maineensa, omaisuutensa ja taidekokoelmansa takavarikoidaan ja lahjoitetaan koko Pariisin kaupungille. Sen jälkeen Murray luo uraa ammattilaispainijana, Bentley etsii Slyta sekä Carmelita palaa Interpoliin töihin, hän kaipaa silti Slyta. Peli päättyy, kun Sly herää Egyptistä. Tämän jälkeen tulee lopputekstit, jossa kerrotaan mitä jokaisen aikakauden kelmipomoille kävi.
