Transformers Cybertron on Unicron-trilogian viimeinen eli kolmas sarja, vaikka tarina onkin täysin eri urilla, kuin ''[[Transformers: Armada]]n'' ja ''[[Transformers: Energon]]in'' selvästi yhteenkuuluvat tarinat. Tällä kertaa valtava musta aukko uhkaa Cybertron-planeettaa. Autobottien johtaja Optimus Prime aikoo tämän takia evakuoida planeetan kunnes he keksivät miten mustan aukon voi pysäyttää (musta-aukko syntyi [[Unicron]]in räjähtäessä kun se törmäsi [[energon|super-energon]] -aurinkoon). Autobotit saavat apua muinaiselta transformerilta nimeltä [[Vector Prime]] nimiseltä muinaiselta Transformerilta. Vector Prime kertoo että mustan aukon voi pysäyttää vain etsimällä neljä cyberplaneetta-avainta neljältä planeetalta jotka ovat: [[Maa]], Nopeusplaneetta [[Velocitron]], Viidakkoplaneetta [[Animatros]]Animatron ja Jättiläisplaneetta [[Gigantion]] . Nämä avaimet pitäisi yhdistää [[Omegalukko]]on ja näin palauttaa Transformersien luojan, [[Primus (Transformers)|Primuksen]] voimat. [[Decepticon]]it kuitenkin yrittävät saada avaimet itselleen ja niiden avulla hallita universumia. Autobotit saavat kuitenkin apua kolmelta lapselta nimeltä: [[Coby]] Hansen, [[Lori]] Jiménez ja Cobyn veli [[Bud]]. Jokaisella robotilla on cyber-avain joka antaa robotille lisävoimia tai paljastaa uusia aseita.
