Osmanien muodostama uhka jatkoi kasvuaan ja vuonna 1439 osmanit asettivat [[Ishak Bey]]n edustajakseen Pristinassa ja hallitsivat kaupunkia kokonaan vuoteen 1455 mennessä. Serbian kuninkaiden palatsi tuhottiin ja sen tilalle rakennettiin muita rakenn8uksia, kuten Pazar-moskeija. Alueen hallinnollinen keskus siirrettiin Pristinasta [[Vučitrn]]iin, mutta se säilytti taloudellisen merkityksensä paljolti sen ragusalaisen siirtokuntansa ansiosta.1498-luvullaOsanien valtakunnassa oli sota ,jossa serbit olivat mukana.1500-luvulla kaupungissa matkailleet kuvailivat sitä rikkaaksi. Kaupunki kärsi mittavat tuhot [[Suuri Turkin sota|suuren Turkin sodan]] aikana ja etenkin vuonna 1689, jolloin itävaltalaiskenraali Piccolomini valtasi Pristinan ja Skopjen serbien ja katolilaisten [[albaanit|albaanien]] tukemana. Itävaltalaisten vetäytyessä 1690 heidän mukanaan pohjoiseen lähti suuri osa alueen serbitaustaisesta väestöstä osmanien kostotoimien pelossa. Saman tapainen muuttoaalto käynnistyi myös [[Itävallan–Turkin sota (1737–1739))|Itävallan–Turkin sodan]] aikana vuonna 1737. Serbien tilalle muutti [[islam]]in uskoisia albaaneja Albaniasta. 1700-luvulla Pristinaa hallitsivat sittemmin osmanien alaisuudessa noin vuosisadan ajan gjinollien albaanisuku. Vuonna 1800-luvulla kaupungissa oli noin 9 000-12 000 asukasta ja kaupungin taloudellinen merkitys väheni. Vuonna 1910 Pristinassa oli yhteensä 4 00 taloutta ja sen asukkaat muodostuivat albaaneista, serbeistä, juutalaisista, romaneista ja [[tšerkessit|tšerkesseistä]]. Talouksista 3 200 oli muslimeja, 531 ortodoksisia ja 65 juutalaisia.<ref name="eoi" />
