Jokinen on [[Jämsän Kiekko-Sudet|Jämsän Kiekko-Susien]] kasvatti. Hän siirtyi kuitenkin jo melko varhain [[JYP]]in junioreihin. Hän toimi kaudella 2008–2009 seuran C-nuorten [[Kapteeni (urheilu)|kapteenina]]. Kauden 2009–2010 päätteeksi Jokinen voitti B-nuorten I-divisioonan hopeaa ja kausi 2010–2011 päättyi [[Jääkiekon A-nuorten SM-liiga|A-nuorten Suomenmestaruuteen]].<ref name="elite">{{eliteprospects|43539}}</ref> Kaudella [[Mestis-kausi 2011–2012|2011–2012]] hän debytoi miesten peleissä pelattuaan yhdeksän [[Mestis]]-ottelua [[JYP-Akatemia]]ssa ilman tehopisteitä.
Kaudeksi [[Mestis-kausi 2012–2013|2012–2013]] Jokinen teki Mestis-sopimuksen JYP-Akatemian kanssa.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.jatkoaika.com/Uutiset/jyp-akatemialla-selv%C3%A4t-s%C3%A4velet-tulevalle-kaudelle/58538| Nimeke = JYP-Akatemialla selvät sävelet tulevalle kaudelle| Tekijä = | Tiedostomuoto = | Selite = | Julkaisu = | Ajankohta = 31.5.2012| JulkaisupaikkaJulkaisu = Jatkoaika.com| Julkaisija = Jatkoaika r.comy| Viitattu = 22.11.2015| Kieli = }}</ref> Hänen tulokaskautensa toi siellä 30 runkosarjaottelussa tehot 2+4=6. Kaudeksi [[Mestis-kausi 2015–2016|2015–2016]] Jokinen nimettiin JYP-Akatemian varakapteeniksi.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = | Nimeke = Virtasesta JYP-Akatemian kapteeni| Osoite = http://www.jatkoaika.com/Uutiset/virtasesta-jyp-akatemian-kapteeni/171720| Ajankohta = 5.9.2015| JulkaisijaJulkaisu = Jatkoaika.com| Julkaisija = Jatkoaika r.y| Luettu = 22.11.2015| Kieli = }}</ref> Hän debytoi kauden aikana myös JYPin [[Jääkiekon SM-liiga|SM-liigajoukkueessa]]. Jokinen teki liigadebyyttinsä loukkaantumissuman aikana [[20. marraskuuta]] [[2015]] [[Pelicans]]ia vastaan. Hän sai ottelussa jääaikaa 11.06 minuuttia.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://liiga.fi/ottelut/2015-2016/runkosarja/7787/tilastot/| Nimeke = Ottelutilastot | JYP - Pelicans 20.11.2015 | Liiga| Tekijä = | Tiedostomuoto = | Selite = | Julkaisu = liiga.fi| Ajankohta = 20.11.2015| Julkaisupaikka = | Julkaisija = Jääkiekon SM-liiga Oy| Viitattu = 22.11.2015| Kieli = }}</ref> Jokinen jäi lopulta loppukaudeksi JYPin SM-liigavahvuuteen ja teki maaliskuussa 2016 kaksivuotisen jatkosopimuksen joukkueen kanssa.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = | Nimeke = JYPille jatkajia pelaajistoon ja valmennukseen| Osoite = http://www.jatkoaika.com/Uutiset/jypille-jatkajia-pelaajistoon-ja-valmennukseen/176879| Ajankohta = 1.3.2016| JulkaisijaJulkaisu = Jatkoaika.com| Julkaisija = Jatkoaika r.y| Luettu = 1.3.2016| Kieli = }}</ref> Noin viikkoa myöhemmin hän teki liigauransa avausmaalin [[8. maaliskuuta]] 2016 runkosarjan toiseksi viimeisellä kierroksella vieraissa [[Oulun Kärpät|Oulun Kärppiä]] vastaan. Jokisen osuma jäi JYPin 2-4-voittoon päättyneen ottelun ratkaisumaaliksi.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://liiga.fi/ottelut/2015-2016/runkosarja/8050/seuranta/| Nimeke = Otteluseuranta | Kärpät - JYP 8.3.2016 | Liiga| Tekijä = | Tiedostomuoto = | Selite = | Julkaisu = liiga.fi| Ajankohta = 8.3.2016| Julkaisupaikka = | Julkaisija = Jääkiekon SM-liiga Oy| Viitattu = 8.3.2016| Kieli = }}</ref> Kaikkiaan hänen tulokaskautensa SM-liigassa toi 22 runkosarja- ja yhdeksässä playoff-ottelussa tehot 1+5=6.
Jokinen jäi kaudella [[Jääkiekon SM-liigakausi 2016–2017|2016–2017]] JYPissä pieneen rooliin ja pelasi vain yhdeksän SM-liigaottelua. Hän pelasi kauden aikana 11 ottelua JYP-Akatemian vahvuudessa.<ref name="elite"/> Lokakuussa 2017 Jokinen teki JYPin kanssa kaksivuotisen, kevääseen 2020 asti ulottuvan jatkosopimuksen.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = | Nimeke = JYP jatkoi puolustaja Jaakko Jokisen sopimusta. Keskushyökkääjä Valtteri Hotakaisen sopimus purettu.| Osoite = http://www.jypliiga.fi/2017/10/jyp-jatkoi-puolustaja-jaakko-jokisen-sopimusta-keskushyokkaaja-valtteri-hotakaisen-sopimus-purettu/| Ajankohta = 30.10.2017| Julkaisu = jypliiga.fi| Julkaisija = JYP Jyväskylä Oy| Luettu = 30.10.2017| Kieli = }}</ref>
