Mustajuuresta syödään yleensä sen juuri. Juuri on kuorittuna vaalea, mutta tummuu maitiaisnesteen vaikutuksesta. Tummumisen voi ehkäistä sitruunamehulla.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = Arjan leivontanurkka | Nimeke = Mustajuuri| Osoite = http://www.mtv3.fi/koti2006/leivonta/kysymys.shtml/arkisto?99745 | Ajankohta = | Julkaisija = MTV3 | Viitattu = 13.5.2007| Kieli = }}</ref> Mustajuuri voidaan tarjoilla lisäkkeenä, keittona tai voisulan kanssa.<ref>{{Verkkoviite | Tekijä = | Nimeke = Erikoisvihannekset: Mustajuuri | Osoite = http://www.kespro.com/kespro/tuotemaailma/hedelmat_ja_vihannekset/erikoishevit/mustajuuri.html| Ajankohta = | Julkaisija = Kespro Oy | Viitattu = 13.5.2007 | Kieli = }}</ref> Se muistuttaa paljon parsaa, ja sitä voidaankin käyttää parsan tavoin.<ref>http://puutarha.net/index.asp?s=/suorakanava/kasvikortti.asp?id=486</ref>
