Beryllillä on useita värimuunnoksia, jotka ovat saaneet omat nimensä ja joita käytetään jalokivinä. Arvokkain niistä on '''[[smaragdi]]''', jolle [[kromi]] on antanut voimakkaan vihreän värin. Smaragdissa on lähes aina runsaasti sulkeumia{{selvennä}} eli kiven sisään kiteytyneitä muita mineraaleja. Vaalean merensininen '''[[akvamariini]]''' on toinen suosittu berylli. Keltainen berylli on nimeltään '''kultaberylli''' eli '''[[heliodori]]'''. '''[[Gosheniitti]]''' on väritön muunnos, ja '''[[morganiitti]]''' on saanut vaaleanpunaisen värinsä [[mangaani]]sta. '''[[Bixbiitti]]''' on harvinainen voimakkaanpunainen muunnos, jota on löydetty pieninä kiteinä vain muutamasta paikasta Yhdysvalloista. '''[[Pezzottaiitti]]''' on kirkkaan punainen silikaattimineraali joka aiemmin luokiteltiin berylliksi mutta todettiin vuonna 2003 aiemmin tuntemattomaksi myös [[cesium]]ia ja [[litium]]ia sisältäväksi mineraaliksi kemialliselta koostumukseltaan Cs(Be<sub>2</sub>Li)Al<sub>2</sub>Si<sub>6</sub>O<sub>18</sub><ref>[https://www.mindat.org/min-25652.html mindat.org: Pezzottaite] Viitattu 26.2.2017.</ref>.
