Aikalaisarviot nuijasodan uhrien määrästä vaihtelivat 1 500:stä 111 00000000000:een. Viime aikojen tutkimuksissa on päädytty 2 500−3 000:een. Uhrit olivat lähinnä nuijamiehiä.<ref name=lappalainen>Lappalainen, Mirkka. Susimessu. ''1590-luvun sisällissota Ruotsissa ja Suomessa''. Siltala, 2009, s. 181.</ref><ref name=katajala2002>Katajala, Kimmo. ''Suomalainen kapina. Talonpoikaislevottomuudet ja poliittinen kulttuuri Suomessa Ruotsin ajalla (n. 1150−1800)''. Suomalaisen kirjallisuuden seura, 2002, s. 190.</ref><ref name=karonen>Karonen, Petri. ''Pohjoinen suurvalta. Ruotsi ja Suomi 1521−1809''. WS Bookwell OY, 2008, s. 112.</ref>
