Ero sivun ”EgyptAirin lento 990” versioiden välillä

Koska onnettomuus tapahtui kansainvälisillä vesillä, vastuu tutkinnasta oli [[Kansainvälinen siviili-ilmailujärjestö|Kansainvälisen siviili-ilmailujärjestön]] sääntöjen mukaan [[Egypti]]llä (Egyptian Civil Aviation Authority, ECAA). Egyptin hallitus kuitenkin pyysi, että paremmatparemmilla resurssitresursseilla omaavavarustettu [[Yhdysvallat|Yhdysvaltain]] [[National Transportation Safety Board]] (NTSB) suorittaisi tutkinnan. Kaksi viikkoa onnettomuuden jälkeen NTSB ehdotti tutkinnan siirtämistä [[FBI|FBI:lle]], koska todistusaineisto viittasi rikokseen ja onnettomuuden tahallisuuteen. Egyptin viranomaiset eivät suostuneet tähän, joten NTSB jatkoi tutkinnan johdossa. Kun tahallisen teon todisteet lisääntyivät, Egyptin hallitus pyörsi aiemman päätöksensä ja ECAA aloitti oman tutkimuksensa. Nämä kaksi tutkintaa tulivat hyvin erilaisiin tuloksiin.: NTSB määritteli onnettomuuden olleen varakapteenin Gameel Al-Batoutin tahallaan aiheuttama, ja päällimmäinen teoria on, että tämä teki itsemurhan. ECAA sen sijaan katsoi, että onnettomuuden oli aiheuttanut koneen mekaaninen vika.

Lentokoneessa olleista henkilöistä neljätoista14 kuului miehistöön. Matkustajat (203 henkeä) olivat kotoisin [[Kanada]]sta, Egyptistä, [[Saksa]]sta, [[Sudan]]ista, [[Syyria]]sta, Yhdysvalloista ja [[Zimbabwe]]sta. Heistä 32 oli noussut koneeseen Los Angelesissa, loput New Yorkissa.