Naissaari muodosti osan [[Pietari Suuren merilinnoitus]]ta,<ref>{{kirjaviite |Tekijä = Jari Leskinen, PekkaJari & Silvast, Pekka|Nimeke = Suljettu aika, Porkkala Neuvostoliiton sotilaallisena tukikohtana vuosina 1944-1956 1944–1956|Sivu = 27-28 27–28|Julkaisija = WSOY|Vuosi = 2001|Tunniste = ISBN 951-0-25128-3}}</ref> ja myöhemminkin [[Suomenlahden tykistösulku|Suomenlahden tykistösulun]] osan.<ref>Suljettu aika, s. 31-3531–35</ref> Se jäi [[Jatkosota|Jatkosodassa]] saksalaisten [[Mäkiluoto|Mäkiluodon]] (Porkkalanniemen edustalla) ja [[Aegna]]n (Viimsinniemen, {{k-et|Viimsi poolsaar}}, edustalla) välille laskeman merimiinoitteen ja sukellusveneverkon länsipuolelle. Sulute tunnettiin nimellä "Nashorn"”Nashorn” (Sarvikuonosarvikuono).<ref name="Soiri">Soiri, Tuomo Soiri: Iskulaivue (Kymin torjuntahävittäjät Etelä-suomenSuomen ja meririntaman puolustuksessa 1943-19441943–1944). WSOY, 1991</ref>
Naissaaressa oli vuosina 1942–1944 suomalaisen [[44. Radio- ja ilmavalvontakomppania|44. Radio- ja ilmavalvontakomppanian]] valvonta-asema.