Capsian teoksia on [[Kansallismuseo]]ssa ja [[Turun historiallinen museo|Turun historiallisessa museossa]]. Hänen tuotantoonsa kuului muotokuvien ohella uskonnollisia aiheita.
Margareta Capsian tunnetuin ja varhaisin Vaasan aikainen maalaus on Pietarsaaren maaseurakunnan (Pedersöre) kirkon alttaritaulu vuodelta 1725, on nykyisin on Suomen kansallismuseossa. ''PyhäPyhän ehtoollinenehtoollisen'' (1739), joka ollut Säkylän kirkon alttaritauluna, on nykyisin on Suomen kansallismuseossa. Sommittelusommittelu perustuu mallikuvaan, jonka kuparikaivertaja Matthäus Merian on tehnyt vuoden 1630 saksalaiseen Raamattuun. <ref>[http://www.nikkemedia.fi/ivailu/nettikurssit/taidehistoria1/1700maalaustaide.html 1700-luvun taidehistoriaa, maalaustaide, Nikkemedia]</ref> Hän maalasi myös [[Paltaniemen kuvakirkko|Paltaniemen kuvakirkon]] alttarimaalauksen Oulun läänin maaherra [[Reinhold Wilhelm von Essen]]in toimeksiannosta vuonna 1727. <ref>[http://www.paltamonsrk.fi/skriptit/uutiset/paltaniemenkirkko.asp Pekka Lukkari, Paltamon vanha kirkko, paltamon seurakunta] Viitattu 29.6.2008</ref> Hänen maalauksiaan on myös [[Säkylän kirkko|Säkylässä]], [[Mynämäen kirkko|Mynämäellä]], [[Kiikalan kirkko|Kiikalassa]] ja [[Lohjan kirkko|Lohjalla]]. [[Liperin kirkko|Liperin kirkon]] vanhaa alttaritaulua ''Kristus asettaa ehtoollisen'' pidetään Capsian maalamana. <ref name="mm1"/> Hän maalasi kenraalimajuri Krister Henrik d'Albedyhllin ja tämän puolison Hedvig Ulrika Mörner af Morlandan muotokuvat 1723, jotka nykyisin sijaitsevat Ruotsissa. Piispa [[Herman Witte]]n muotokuva on myös vuodelta 1723.
