Hunajaa suositellaan säilytettäväksi kuivassa ja viileässä noin 13–16 asteessa, jolloin se säilyy käyttökelpoisena useita vuosia. Huoneenlämmössä hunajan säilyvyysajaksi on määritelty kaksi vuotta.<ref name="koivulehto-144">Koivulehto 2010, s. 144.</ref> Hunaja ei kannata pitää jääkaapissaJääkaapissa tai kosteassa tilassa,koskasäilytetty sehunaja imee itseensä herkästi hajuja ja kosteutta. Hunajaa voi myös pakastaa. JosJuoksevasta pakastathunajasta juoksevaatulee hunajaa,pakastuksen seja pysyysulatuksen juoksevanajälkeen myösuudelleen sulattaessajuoksevaa.<ref name="hunaja-net-sailytys">{{Verkkoviite | Osoite = http://www.hunaja.net/hunajatietoa/hunajan-sailytys-ja-kasittely/ | Nimeke =Hunajan säilytys ja käsittely |Julkaisu =Hunaja.net | Julkaisija = Suomen Mehiläishoitajain Liitto | Viitattu = 8.8.2013 }}</ref><ref name="koivulehto-144" />
